1.合資夥伴不同:上海大眾汽車有限公司是德國奧迪股份公司和中國上海汽車集團有限公司的合資企業，而上汽大眾汽車有限公司是奧迪股份公司、中國上海汽車集團有限公司和中國汽車工業集團有限公司的合資企業。
2.品牌代表不同:上海大眾汽車有限公司在中國市場代理大眾品牌運營，主要生產銷售大眾品牌乘用車，上汽大眾汽車有限公司在中國市場代理大眾品牌和斯柯達品牌運營，生產銷售大眾和斯柯達品牌乘用車。