1.上海地鐵壹號線運營有限公司:運營1號線、5號線、9號線、10號線。
2.上海地鐵二運營有限公司:在2號線、11號線、13號線(世博專線)範圍內運營。
3.上海地鐵第三運營有限公司:運營3號線、4號線、7號線。
4.上海地鐵四號線運營有限公司:運營6號線和8號線。
5.上海磁浮交通發展有限公司:運營磁浮示範運營線。