保險公司在審計過程中收取農業保險費是否違法？

這是違法的。如果保險公司套取農業保險費的行為違反了相關法律法規，則屬於違法行為。根據《中華人民共和國保險法》等相關法律法規規定，保險公司收取保險費必須遵循公平、公正、合法的原則，不得以任何形式套取保險費。審計中發現保險公司套取涉農保費的，應當及時向有關部門報告，由有關部門依法處理。