第三師紅旗農場成立於1958年3月。是以純收益單位為主體的國家級貧困農場。其前身為克孜勒蘇柯爾克孜自治州紅旗農場，於1984年4月由周珂農墾總局移交給新疆建設兵團農三師。
2012正式更名為新疆建設兵團第三師紅旗農場。農場位於克孜勒蘇柯爾克孜自治州阿圖什以東20公裏，距南疆重鎮喀什67公裏，總面積654.38+0.35萬畝。