知識產權代理機構的控股公司或者法人股東的附屬公司可以正常註冊商標嗎？

這個不受影響。商標法屬於民法部門，民法的原則是只要沒有禁止的行為就可以。由於《商標法》只限制商標代理機構註冊自己的商標，規定除其需要的服務類別外，不得註冊其他類別，但並未限制與知識產權代理機構關聯的商標代理機構的控股公司或與商標代理機構關聯的公司在法人股東中的註冊行為，因此可以註冊。