1.公司性質不同:中國九元高新裝備有限公司是中國工程物理研究院直屬的全資企業。四川九元投資控股集團有限公司是軍轉民產業發展的重要平臺，由中國工程物理研究院全資設立。
2.經營範圍不同:中國長期從事高科技設備的開發和生產，經營多元化。是中國工程物理研究院高技術裝備的重要科研生產基地和對外窗口單位。四川九元投資控股集團主要投資精細化工、IT產業、環保產業、新材料、技術轉移等專業領域。