1.企業有不同的經營範圍。安徽魔方藥業股份有限公司專業從事普通藥品和新藥代理、商業配送、醫院、連鎖店和第三終端批發配送等業務，而合肥魔方藥業股份有限公司是集藥品研發、生產、銷售、提取為壹體的股份制醫藥工業企業，擁有多家生產企業和壹家藥品銷售企業。
2.尺度不壹樣。安徽魔方藥業股份有限公司成立於2001，是合肥魔方藥業股份有限公司的全資子公司，合肥魔方藥業股份有限公司是其總公司。