福建高等法院金門分院管轄金門縣及連江縣（限於馬祖地區）等2縣，總面積約182平方公裏，總人口約8萬5千人。
轄區法院： 福建金門地方法院 福建連江地方法院 不服地方法院第壹審判決之民、刑事訴訟上訴案件； 不服地方法院第壹審裁定之抗告案件； 內亂、外患及妨害國交之第壹審案件（以本院為第壹審）； 其他法律規定之訴。