1，性質目的不同:起訴意見書是監察機關、公安機關、國家安全機關、檢察機關偵查部門將偵查終結的案件依法移送檢察機關檢察部門審查，對被告人提起公訴的法律文書。其目的是對犯罪事實清楚、證據充分，應當依法追究被告人刑事責任的案件提出起訴意見，為後續審判程序提供依據。《破案報告》是公安機關在查清犯罪事實、認定主要犯罪嫌疑人、取得確鑿證據後，報請上級領導批準的書面文件。其目的是向上級領導匯報破案情況，為領導決策提供參考。
2.內容和格式不同:起訴意見書的內容包括被告人的基本情況、犯罪事實、起訴理由和法律依據等。，並註明被告人目前的羈押場所、卷宗數量，以及隨案移送的贓物、物證、違禁品及其清單。其格式包括標題、編號、正文和尾部。刑事案件調查報告的內容包括調查結果、破案原因和依據、組織分工以及破案的方法和步驟。其格式包括標題、編號、正文和尾部，但具體內容和格式會因地區和案件而異。