針對“事實清楚，證據確鑿”的指控，辯護律師可以通過調查核實證據是否真實可靠或者證據是否存在漏洞來反駁指控。如果涉案證據存在諸多瑕疵，或者證人證言自相矛盾、不完整，律師可以對其進行質證，引入反證，證明被告人無罪。此外，如果在法律適用上存在問題或者公訴機關違反法律規定，辯護律師也可以提出相關異議，努力維護被告人的合法權益。
在刑事案件中，除了律師辯護，還可以通過審判程序中的其他環節，如審查起訴書、排除非法證據、聽取辯護意見、申請取保候審等，來爭取對被告人利益的保護。