根據上述職責，信陽市中級人民法院內設16個職能部門。
(壹)辦公室
協助院領導組織、協調、處理司法政務；辦理院務會、院長辦公會等會議事務；負責重要會議的組織安排；做好人大代表、政協委員、市中級人民法院督導員的聯絡工作，組織辦理人大代表、政協委員的建議和提案；起草綜合性文件、報告；負責中院及全市法院年度工作目標管理；負責機關文秘、綜合信息、督辦、機要、保密、印章管理、檔案圖書、打印、收發和外事接待工作；負責普法教育和社會治安綜合治理工作。
(二)政治部
辦理本院黨組會議事務，落實黨組會議決定；抓好院機關幹警思想政治工作，組織幹警開展政治理論學習活動；主管院機關組織人事工作，辦理院機關幹警職務職級及審判職稱呈報任免；落實院機關幹警工資福利待遇；負責院機關年度考核工作及全市法院系統集體和幹警個人立功獎勵考核報批工作；組織全市法院法官續職晉級資格考試；辦理全市法院法官登記呈報審批和司法警察入警退警警銜審核工作；組織全市法院幹警、法官人事信息填報工作；負責院機關新聞宣傳和法制宣傳；主管全市法院幹部教育培訓工作；協助地方黨委搞好縣、區法院領導班子建設；協助地方編制主管部門管理全市法院系統機構編制工作；對下級人民法院的相關工作進行指導。政治部內設人事科、宣傳教育科。
(三)立案壹庭、立案二庭（涉訴信訪、督查督辦）
對依法由本院受理的壹審和二審的刑事、民事、行政案件和由本院執行的執行案件審查登記立案，並核算預交訴訟費；依法審查下級法院管轄權異議和不予受理的案件；處理來信來訪，對不服全市兩級法院生效裁判提出的各類申訴以及申請再審案件進行審查，認為可能有錯誤的，移交審判監督庭及有關審判庭審查處理；負責司法救助工作；對本院審判、處理的各類案件進行流程管理；監督指導下級法院立案工作。
(四)刑事審判第壹庭(掛少年刑事審判庭牌子)
依法審判應當由本院管轄的危害國家安全罪、危害公***安全罪、侵犯公民人身權利民主權利罪、妨害社會管理秩序罪、危害國防利益罪等第壹、二審案件；辦理由本院管轄的減刑、假釋案件；依法審判第壹審、第二審未成年人刑事案件，配合有關部門做好預防未成年人犯罪的教育工作，並對構成犯罪的未成年人做好教育、挽救工作；負責有關大案要案的協調、指導工作；負責辦理下級法院有關延期審理案件的請示；監督指導下級法院有關刑事審判工作。
(五)刑事審判第二庭
依法審判應由本院管轄的破壞社會主義市場經濟秩序罪、侵犯財產罪、貪汙賄賂罪、瀆職罪等第壹、二審案件；負責有關大案要案的協調、指導工作；負責辦理下級法院有關延期審理案件的請示；監督指導下級法院有關刑事審判工作。
(六)民事審判第壹庭
依法審判第壹、二審有關婚姻、家庭、人身權利、相鄰關系、房地產及相關合同等糾紛案件；指導基層人民法庭工作；負責辦理下級法院有關延期審理案件的請示；指導監督下級法院有關民事審判工作。
(七)民事審判第二庭
依法審判第壹、二審合同糾紛案件；審理申請撤銷仲裁的案件；負責辦理下級法院有關延期審理案件的請示；指導監督下級法院有關民事審判工作。
(八)民事審判第三庭
依法審判第壹、二審知識產權、勞動爭議、證券、票據、企業破產、涉外民事等新型案件；審理不服下級人民法院裁判生效的知識產權審判監督案件；負責辦理下級法院有關延期審理案件的請示；指導監督下級法院有關民事審判工作。
(九)行政審判庭
依法審判第壹、二審行政案件；審判不服下級人民法院生效裁判的行政審判監督案件；審查行政機關申請強制執行的案件；提出有關行政審判的司法建議；辦理下級人民法院有關延期審理案件的請示；指導監督下級法院有關行政審判
工作。
(十)賠償委員會辦公室
依法辦理賠償委員會受理的國家賠償案件；執行賠償委員會決定事項；審查處理賠償告訴、申請案件；指導下級人民法院賠償案件工作。
(十壹)審判監督庭
依法審判不服本院作出的生效裁判的再審案件；審判不服下級人民法院作出的刑事、民事(不含知識產權案件)生效裁判的再審案件；審判市人民檢察院提出抗訴的再審案件；指導下級人民法院審判監督工作。
(十二)執行局
執行本院第壹審作出的民事、行政以及刑事附帶民事訴訟案件已生效法律文書；執行法律規定由本院執行的其他法律文書；協調處理轄區內執行爭議案件；提出有關執行工作的司法建議；組織全市法院統壹的執行行動；指導監督下級法院的執行工作。
(十三)研究室
辦理審判委員會會務；起草審判業務方面的規範性文件、報告；負責司法統計、案例編報、調查研究工作，參與立法活動；答復下級人民法院有關法律適用問題的請示；參與或辦理領導交辦的重大疑難案件；協助院領導開展審判工作管理；對下級人民法院相關工作進行指導。
(十四)法警支隊
負責法庭警衛、押解人犯、送達有關法律文書、執行死刑；參與對判決、裁定的財產查封、扣押、凍結等執行活動；負責槍支的管理並維護機關的安全和秩序；管理司法警察的裝備；組織全市司法警察教育培訓活動；負責全市法院司法警察警銜的呈報工作；指導協調下級法院的法警工作。
(十五)司法技術鑒定處
承擔審判工作中所涉及的法醫技術、文檢鑒定、司法會計、工程技術及產品質量等司法技術鑒定工作；指導全市法院系統司法技術鑒定工作。
(十六)司法行政裝備管理處
負責院機關房產、車輛、服裝、通訊設備、辦公用品等國有資產與各項經費的管理和保障工作；擬定本院基本建設規劃、計劃，籌措所需經費並負責實施；指導監督下級法院訴訟費及服裝、交通通訊設備等專項物資裝備的管理工作；指導下級人民法院的審判法庭和人民法庭建設。
機關黨委按《黨章》等有關規定設置。
紀檢(監察)的機構編制按信編辦[2001]15號文件規定執行。
設置離退休幹部工作科，負責局機關離退休幹部服務和管理工作。為離退休老幹部服務人員的編制不再另行核定。