刑事案件不予起訴結案流程為，承辦檢察官審查全案證據，做出不起訴的意見;承辦檢察官向被不起訴人、被害人送達不起訴決定書。具體不起訴的流程如下：
1、承辦檢察官審查全案證據，做出不起訴的意見。(存疑不起訴需兩次退查)
2、承辦檢察官召開檢察官聯席會議，參加聯席會議的檢察官會根據承辦檢察官對事實、證據、適用法律的匯報情況，提出個人意見。(參加聯席會議的檢察官的意見對承辦檢察官來說，只有參考作用)
3、提交本院檢察委員會進行決定。(承辦檢察官向檢察委員會進行匯報，檢察委員會成員分別發表意見。檢察委員會實行少數服從多數的原則)
4、檢察委員會通過不起訴決定後，承辦檢察官制作不起訴決定書。
5、承辦檢察官向被不起訴人、被害人送達不起訴決定書。
6、被害人對人民檢察院作出的不起訴決定不服的，可以自收到決定書後7日以內向作出不起訴決定的人民檢察院的上壹級人民檢察院申訴。
7、被不起訴人不服不起訴決定的，應自收到不起訴決定書後7日以內向作出不起訴決定的人民檢察院提出申訴。
8、如果沒有申訴，7日後不起訴決定就已發生法律效力。
刑事案件和民事案件的區別是什麽
1、概念不同。刑事案件是指犯罪嫌疑人或者被告人被控涉嫌侵犯了刑法所保護的社會關系，國家為了追究犯罪嫌疑人或者被告人的刑事責任而進行立案偵察、審判並給予刑事制裁的案件。民事案件指發生在法律地位平等的民事主體之間的爭議，當事人無法協商解決，而訴諸司法機關，請求由司法機關受理並就有關民事權利和義務進行廓清和界定的案件；
2、涉及的案件內容不同。刑事案件涉及的是犯罪行為。民事案件涉及的是有關財產權益方面的案件如合同糾紛，物權糾紛等以及侵權行為而發生的糾紛；
3、是否由國家主動介入不同。刑事案件壹般都有國家刑事司法機關主動介入，受害人或者群眾報案、舉報後，公安、檢察機關即會介入偵查。然後由檢察院代表國家對被告人提起公訴，由法院代表法律進行制裁。民事案件壹般遵循不告不理的原則，即當事人不主動向國家司法機關請求，國家司法機關壹般不介入幹預當事人之間的糾紛。
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法律依據：
《刑事訴訟法》第壹百七十七條
犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有本法第十六條規定的情形之壹的，人民檢察院應當作出不起訴決定。
對於犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。
人民檢察院決定不起訴的案件，應當同時對偵查中查封、扣押、凍結的財物解除查封、扣押、凍結。對被不起訴人需要給予行政處罰、處分或者需要沒收其違法所得的，人民檢察院應當提出檢察意見，移送有關主管機關處理。有關主管機關應當將處理結果及時通知人民檢察院。