以寫作和表達方法的不同，可分為文字敘述式文書、填空式文書、表格式文書和筆錄式文書；
按文種的不同，可分為報告類文書、通知類文書、判決類文書、裁定類文書、決定類文書等。
1、兩種行為的性質不同。公安行政行為是行政執法行為，有的是基於違反公安行政管理法規的違法行為而作出，有的是為防範各種危害治安的因素不致發生危害而作出，重在管理刑事偵查行為是刑事執法行為，基於對觸犯法律的犯罪行為而作出，重在打擊。刑事偵查行為與有些公安行政行為雖然都具有制裁性，但其程度不同，公安行政行為是壹種較輕的法律制裁，追究違法者的行政責任，而刑事偵查行為則是壹種最嚴厲的法律制裁，追究犯罪嫌疑人的刑事責任。
2、兩種行為作出的法律依據不同。公安行政行為的依據是公安行政法律規範，包括公安行政法律、公安行政法規、地方性公安法規、公安部規章、省級和省會市、國務院批準的較大市的地方人民政府規章，民族自治條例、及上級公安機關、人民政府的規範性文件。可見，公安行政行為的法律依據具有多層次性和廣泛性。刑事偵查行為的法律依據刑事法律規範，主要有《刑法》、《刑事訴訟法》、最高人民法院關於審理有關刑事案件適用法律問題的司法解釋、公安部制定的《公安機關辦理刑事案件程序規定》、刑事案件立案標準等有關刑事偵查工作的規定。刑事偵查行為的法律依據則具有高層性和集中性的特點。
3、兩種行為的結案結果和決定機關不同。公安行政行為只在公安機關內部操作，最終由公安機關決定結案。結案方式有兩種，壹種是對違法行為人給予行政拘留、沒收財物、罰款、責令停產停業整頓、吊銷(扣)執照(許可證)等公安行政處罰;壹種是對人身采取更嚴厲的強制措施，如對賣淫嫖娼人員收容教育、對吸毒成癮者強制戒毒、對不夠刑事處罰的人員勞動教養等。刑事偵查只是刑事訴訟的壹個環節，刑事案件壹般要經過公安、檢察、法院三道工序，最後以法院的判決結案：①公安機關經過偵查，對沒有犯罪事實的，情節顯著輕微、危害不大、不認為是犯罪的，犯罪已過追訴日限期限的，經特赦令免除刑罰的，犯罪嫌疑人死亡的，以及其他依法不追究刑事責任的幾種情形的案件，依照《刑事訴訟法》第壹百三十條和公安部《公安機關辦理刑事案件程序規定》第壹百六十八條的規定，由公安機關決定撤銷案件結案。②檢察機關對經過兩次退回公安機關補充偵查仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴決定;對具有《刑事訴訟法》第十五條規定的情形之壹的，人民檢察院應當作出不起訴的決定;對於犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，檢察機關可以作出不起訴決定。
4、兩種行為所適用的程序不同。公安行政行為適用的是公安行政執法程序，由各種公安行政執法程序所組成，如治安管理處罰程序、道路交通管理處罰程序、道路交通事故處理程序、消防管理處罰程序、出入境管理處罰程序、邊防管理處罰程序、勞動教養案件辦理程序、公安證照辦理程序等，適應公安機關內部行政管理職能的分工，各個程序相對應的公安行政管理實體法不同。公安行政執法程序的這種多樣化、分散化特點，是公安行政管理事項的多樣性、分散性決定的。刑事偵查行為適用的是刑事訴訟程序，是刑事訴訟法和公安部為貫徹實施刑事訴訟法制定的《公安機關辦理刑事案件程序規定》規定的，體現高度集中、統壹的特點。公安行政執法程序的另壹特點是執法行為所需的環節少，簡單、快捷，時間要求短，適應對治安問題快速、高效處理，與此相比較，刑事偵查程序則要復雜、繁慢得多，時間也相對較長，適應對犯罪案件質量的更高、更嚴的要求。公安行政行為與刑事偵查行為所使用的法律文書也是完全不同的，前者使用的是公安行政法律文書，後者使用的是刑事法律文書，這些文書在名稱、格式、所載內容上均截然不同。
5、在同壹案件、同壹事件中需要同時實施兩種行為的，它們的地位，作用不同。在些種情況下，刑事偵查行為壹般處於中心、主導、支配地位，公安行政行為則處於從屬、次要地位，起支持、配合、服務於刑事偵查工作的作用，公安行政行為在此往往根據刑事偵查工作的需要而作出，作為壹種偵查策略而使用。在有多名違法犯罪人員的同壹案件中，有的人的行為構成犯罪，有的人的行為只構成違法，公安機關對犯罪行為實施刑事偵查行為，對違法行為實施公安行政行為，在這種情況下，兩種行為則是各自獨立的，沒有主次輕重之分。