1.人民檢察院在本案中有哪些違法程序？
回答檢察院程序違法:
(1)檢察機關對國有宏源股份有限公司涉稅案件的調查違反相關規定。六機關條例第壹條規定，涉稅案件由公安機關管轄，公安機關立案偵查，人民檢察院不再受理。所以，檢察院的做法是錯誤的。
(2)檢察院派檢察官直接逮捕犯罪嫌疑人是違法的。《刑事訴訟法》第五十九條規定，逮捕犯罪嫌疑人、被告人，必須經人民檢察院批準或者人民法院決定，由公安機關執行。所以檢察院派檢察官直接逮捕犯罪嫌疑人是違法的。此外，人民檢察院偵查案件，需要逮捕犯罪嫌疑人的，人民檢察院應當決定逮捕而不是批準逮捕。
(3)檢察院要求同時提供5萬元保證金和擔保人，違反了刑事訴訟法的規定。《刑事訴訟法》第五十三條規定，人民法院、人民檢察院、公安機關決定對犯罪嫌疑人、被告人取保候審時，應當責令犯罪嫌疑人、被告人提供保證人或者交納保證金。《六機關條例》第21條明確規定，不得同時提供保證人和交納保證金。題目中檢察院要求同時提供5萬元保證金和擔保人，違反了上述規定。
(4)人民檢察院在人民法院作出生效判決前將凍結的存款上繳國庫，違反了刑事訴訟法及其解釋。
(五)檢察院不經過原審人民法院，直接向上壹級人民法院提出抗訴，是違法的。《刑事訴訟法》第185條規定，地方各級人民檢察院對同級人民法院的第壹審判決、裁定提出抗訴(向原審人民法院提出抗訴，並將抗訴書抄送上壹級人民檢察院)。原審人民法院應當將抗訴連同案卷材料、證據移送上壹級人民法院，並將抗訴書副本發送當事人。檢察院不經過原審人民法院，直接向上壹級人民法院提出抗訴，是違法的。
(6)人民檢察院收取保證金是錯誤的，應由執行機關即公安機關管理。