1．該案中人民檢察院有哪些程序不合法？
答案檢察院不合法的程序：
（1）檢察院對於國有宏源股份有限公司涉稅案件的立案偵查違反了有關規定。《六機關規定》第l條規定：對於涉稅案件由公安機關管轄，公安機關應當立案偵查，人民檢察院不再受理。因此檢察院的做法是錯誤的。
（2）檢察院派檢察人員直接逮捕犯罪嫌疑人的行為是違法的。《刑事訴訟法》第59條規定，逮捕犯罪嫌疑人、被告人，必須經過人民檢察院的批準或者人民法院的決定，由公安機關執行。因此，題中檢察院派檢察人員直接逮捕犯罪嫌疑人的行為是違法的。此外，此案由人民檢察院進行的立案偵查，需要逮捕犯罪嫌疑人時，應當是人民檢察院決定逮捕而非批準逮捕。
（3）檢察院要求同時提供5萬元保證金和保證人的做法違反了刑事訴訟法的規定。《刑事訴訟法》第53條規定：人民法院、人民檢察院和公安機關決定對犯罪嫌疑人、被告人取保候審，應當責令犯罪嫌疑人、被告人提供保證人或者交納保證金。《六機關規定》第21條明確了不能要求同時提供保證人和交納保證金。題中檢察院要求同時提供5萬元保證金和保證人的做法違反了上述規定。
（4）人民檢察院在人民法院尚未作出生效的判決就將該凍結的存款上繳國庫的做法違反了刑事訴訟法及其解釋。
（5）檢察院沒有經過原審人民法院直接向上壹級人民法院提出抗訴的做法違法。《刑事訴訟法》第185條規定，地方各級人民檢察院對同級人民法院的第壹審判決、裁定的抗訴，應當 （通過對原審人民法院提出抗訴書，並且將抗訴書抄送上壹級人民檢察院。原審人民法院應當將抗訴書連同案卷、證據移送上壹級人民法院，並且將抗訴書副本送交當事人。題中檢察院沒有經過原審人民法院直接向上壹級人民法院提出抗訴的做法違法。
（6）人民檢察院收取保證金是錯誤的，應當由執行機關即公安機關統壹收取後管理。