(1)經濟和技術根源。
中國經濟的落後直接導致司法投入不足。而司法投入的缺失，直接產生了兩個結果:壹是挫傷了偵查人員的積極性。我國警察的工資與其工作量極不對稱，尤其是在基層，拖欠工資現象普遍。用壹位公安人員的話來說，“中國養不起這麽壹個小警察，還想讓我們變得服務型。第二個笑話是偵查設備不能及時更新。很多公安機關連測謊儀這麽貴的設備都不敢想。這兩種結果是偵查技術水平低下的重要原因。偵查水平低進壹步導致偵查活動對口供的依賴性強。當很難找到其他證據時，就只有通過審問。
因此，要克服刑訊逼供，必須提高偵查技術水平，這就需要加大司法投入。增加司法投入取決於經濟發展。但是，說到經濟根源，就等於白說了。因為經濟增長不是壹天兩天的事情。
但是，回顧歷史，我們可以看到，古羅馬是禁止刑訊逼供的(奴隸除外)；1215年，英國的《自由大憲章》在法律上廢除了刑訊逼供，到1628年，幾乎從實踐上杜絕了刑訊逼供。1628年，英國無論是調查水平還是經濟水平，都比不上中國。這說明，僅僅從經濟和技術原因上，很難說明問題。事實上，任何社會現象的存在都有特定的思想基礎，刑訊逼供的屢禁不止與其基本思想未被根部雕出的化密切相關。
(2)思想根源。
學術界普遍認為刑訊逼供有兩個思想根源:壹是幾千年來有罪推定思想的影響；二是長期“左”的思想影響。不可否認，這兩種思想造成了刑訊逼供的歷史慣性。但在現實中，有壹種思想比這兩種思想對刑訊逼供的影響更大。這就是“實事求是”的思想，客觀真實。
其實有無罪推定想法的人不多，有有罪推定想法的人也不多。更多的是壹種“實事求是”，客觀真實的思想。對於非法證據，比如刑訊逼供，很多偵查人員往往抱著“是真是假”的概念。“實事求是”的思想認為，壹個人犯罪不受法院定罪的影響，法院定罪只是時間問題。犯罪嫌疑人既不應被推定無罪，也不應被推定有罪，而應被推定他是否實際犯了罪。
索鄭捷博士對客觀真理或客觀事實的批判更是深刻，以至於作者在這裏不得不大量引用他的原話:
“我們過去認為，尋找案件的客觀事實是基於這種認識。我們總是用已經發生的客觀事實來比較刑事訴訟中發現的事實，我們必須使後者符合前者。這裏有壹個悖論。客觀事實壹方面要由刑事訴訟中認定的事實來確定，另壹方面要作為認定案件事實的參考。這樣的悖論只有在上帝的世界裏才能得到根本的解決，因為上帝無所不知——因為上帝無所不知，所以他絕不能在刑事訴訟的狹小空間裏活動。那麽，在現實中，要想解決這個悖論，只能要求司法人員像神壹樣工作。因此，司法人員不得不超越刑事訴訟程序來開展活動。但司法人員畢竟不是神。為了扮演神的角色，他只能在自己的頭腦中構思客觀事實，並聲稱自己在刑事訴訟中發現的事實就是客觀事實。這樣的話，後果會很麻煩。對於壹些知道客觀事實秘密的司法人員，壹方面可以無視法律的存在，另壹方面可以自由穿梭於其主觀精神活動之中。所以有法不依，任意司法，踐踏法治是必然的。但是，所有這些活動還是要披上法律的外衣——曲解甚至濫用法律。”①實踐中存在三種誤區:刑訊逼供的必要性論、刑訊逼供利大於弊論、口供有必要論。更可笑的是，它還被稱為“實事求是”，被稱為發現客觀真理。
(3)價值的來源。
從根本上說，任何法律制度的設計和適用都是以壹定法律價值的實現為基礎的，刑事訴訟制度尤其如此。在現代刑事訴訟實踐過程中，自由和安全是兩個基本的價值，但壹定的法律設施和法律資源只有在壹定的情況下才能有效滿足某種價值，從而形成價值沖突。中國是壹個有幾千年封建歷史的古老國家。在壹個曾經長期處於封建集權統治下的國家，國家權力是極其權威和不可侵犯的，社會整體利益絕對高於個人利益。在這樣的文化背景和社會意識形態基礎上，控制犯罪、維護社會秩序和安寧成為我國刑事司法最根本的價值原則，也就是所謂的“犯罪控制觀”。它強調在不妨礙打擊犯罪的前提下保護公民的個人權利，認為懲罰犯罪就是維護公民的個人自由。
在“犯罪控制觀”的價值取向中，刑事程序逐漸成為實現犯罪控制的工具，失去了應有的價值。但是，刑事審判應當是壹種理性的事業，這就要求法院的刑事判決必須建立在合理的基礎之上。被告定罪的前提是他不僅事實上有罪，而且被合理地證明有罪。正如壹句古老的英國諺語所說，“正義不僅要實現，而且要以人們看得見的方式實現。”壹個刑事審判程序是否合理，取決於它是否使那些直接受到程序結果影響的人，如被告人、被害人，得到應有的待遇。當程序的內在價值得不到肯定，包括法律程序在內的整個法律體系都被視為實現秩序、安全等外在目標的工具時，刑訊逼供行為當然會肆無忌憚。
“犯罪控制觀”價值取向的另壹個結果是，在很多情況下，不惜犧牲對個人權利的充分保護，來換取查處犯罪的高效率。即在公正與效率的價值沖突中，選擇了效率。為了追求訴訟效率，勢必減少對司法權的限制，增加司法活動的自由，削弱當事人的訴訟能力，使司法機關在整個刑事訴訟過程中居於主導地位，對訴訟活動實行權威控制。(1) (4)制度根源。
首先，雖然我國法律明確規定，在法院作出判決之前，任何機關都無權對被告人定罪。但同時規定“犯罪嫌疑人應當如實回答偵查人員提出的問題”。這種“如實回答”的法定義務，使犯罪嫌疑人失去了沈默權，同時賦予了偵查人員強制犯罪嫌疑人作出不利於自己的證言的權力。痛恨犯罪是人們的普遍感受，不打不招也壹直是犯罪分子的普遍心理。只要有壹線生機，大多數罪犯都不會放棄逃避制裁的希望。當面對壹個可能有罪的犯罪嫌疑人時，任何人想到犯罪嫌疑人在反抗中的狡猾，都會忍不住感到憤怒。當偵查員得不到滿意的口供時，加暴力是必然的。
其次，我國刑法明確規定刑訊逼供是侵犯公民人身權利的犯罪，刑事訴訟法也明確規定“嚴禁刑訊逼供和以其他非法方法收集證據”，但沒有相應的證據能力認定制度和非法證據排除規則來保證證據合法性的實現。非法證據具有成本低的特點。只要有生存的空間，就必然成為偵查人員調查取證的重要手段。
再次，諸多相關制度的缺失也是刑訊逼供屢禁不止的原因。如偵查與羈押分離制度、自訴制度、訊問犯罪嫌疑人時律師在場制度、警察出庭作證制度等。(1) (5)偵查本身的隱蔽性是刑訊逼供的重要原因。
在刑事審判活動中，經常會重復這樣壹個過程:被告人當庭陳述的事實與偵查階段的原始供述有較大出入，於是公訴人在偵查階段宣讀被告人供述的筆錄，審判長問被告人為什麽不壹致。被告人回答說在偵查階段被刑訊逼供，審判長問被告人有什麽證據。但被告人舉證困難，故采用被告人在偵查階段的供述記錄作為定案依據，庭審繼續進行。(2)犯罪嫌疑人自被采取強制措施之日起與外界隔離，犯罪嫌疑人完全處於偵查機關的控制之下，且這壹時間將持續至偵查終結。我國刑事偵查活動的隱蔽性無疑是刑訊逼供現象存在的重要原因，也是被告人和律師難以獲得刑訊逼供證據的最重要原因。此外，刑訊逼供的舉證責任設置不當，導致刑訊逼供的肆無忌憚。
(6)其他原因。
第壹，對刑訊逼供的懲罰力度較弱。分管領導往往認為刑訊逼供是工作需要，就算是家醜不可外揚。連檢察院和法院都視而不見。刑訊逼供已經成為司法活動中公開的秘密。
二是“買單”問題錯位。《國家賠償法》的基本理念是公民、法人因執行公務的過錯應當獲得賠償。這是執法過程中的問題，執法人員主觀上沒有違法的意圖。但是，刑訊逼供這種違法行為，國家能承擔責任嗎？換句話說，國家能為那些使用非法手段的執法人員“買單”嗎？《國家賠償法》第二十四條賠償損失後，賠償義務機關應當向有下列情形之壹的工作人員追償部分或者全部賠償費用:
(壹)有本法第十五條第(四)項、第(五)項規定情形的；
(二)在辦案中，有貪汙受賄、徇私舞弊、枉法裁判行為的。
有前款第(壹)項、第(二)項規定情形的，有關機關應當對責任人員給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第十五條第四款是:刑訊逼供，或者以毆打、指使他人毆打等暴力行為造成公民身體傷害或者死亡的。
上述條款中忽略了兩點:壹是賠償義務機關賠償損失後，應當向違法的工作人員“追償部分或者全部賠償費用”。也就是說，國家賠償只是先行墊付，這筆錢最終還得由違法者支付。第二，對於違法並造成後果的，“應當依法給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。”但在實踐中，國家賠償法的這兩條並沒有得到充分的執行，從而縱容了刑訊逼供的發生。