當然，企業自己最了解自己的自由商業秘密，比如它要保護的信息的秘密點，所以企業自己取證最多也無可厚非。但由於商業秘密案件對證據的要求較高，企業可能無法更好地掌握取證的範圍和方法，因此企業可以選擇聘請專業律師幫助完成取證工作。
專業律師，尤其是擅長辦理商業秘密案件的律師，鑒於商業秘密案件的專業性和復雜性，往往具有豐富的法律知識和辦案實踐經驗，熟練的訴訟技巧和為企業保護商業秘密調查取證的能力。
我國《律師法》第三十五條規定，律師可以自行調查收集證據，可以憑律師執業證、律師事務所證書調查與承辦法律事務有關的情況。這壹規定賦予了律師在不同階段調查取證的權利，為律師調查取證提供了便利條件。
2、公證機關公證保全。
公證取證是用公證處的公信力記錄權利人取證的過程，將取得的證據在公證處蓋章，提交法院作為訴訟證據。隨著我國公民對公證制度認識的加深，公證書越來越多地出現在訴訟中。據了解，在我國公證部門目前承擔的主要業務中，公證取證占了很大比重。由於法院的特殊地位，公安和工商部門不可能對每壹個案件都投入巨大的精力和物力進行取證，公證部門實際上起到了協助取證的重要作用。
3.向法院申請證據保全。
我國民事訴訟法第七十四條規定，在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，訴訟參與人可以向人民法院申請證據保全。申請訴前證據保全應當以書面形式提出，壹般在舉證期限屆滿前提出。
在訴前階段，商業秘密權利人在收集侵權人侵權證據時，發現侵權人正在積極銷毀或者轉移證據，或者證據因自身特點可能滅失的，可以向法院申請訴前證據保全。人民法院受理申請後，將作出準予執行的裁定，並立即執行。但同時，申請人也應根據法律的有關規定繳納保全費和提供證據線索。
4.向法院申請調查取證。
申請法院調查取證對於壹些特殊的證據材料，企業和個人等普通人是無法獲取的。因此，《最高人民法院關於民事訴訟證據的規定》第十七條規定，符合下列條件之壹的，當事人及其訴訟代理人可以向人民法院申請調查取證:
申請調查收集的證據屬於國家有關部門保存的檔案材料，需要人民法院依職權調取的；
涉及國家秘密、商業秘密和個人隱私的材料；當事人及其訴訟代理人因客觀原因不能自行收集的其他材料。
5.向工商行政管理部門申請調查取證
商業秘密權利人發現商業秘密被侵犯時，可以依照《關於禁止侵犯商業秘密的若幹規定》的規定，向各級工商行政管理機關申請調查。工商行政管理部門在調查過程中有權封存侵權產品，並可以根據需要查閱、復制與案件有關的合同、賬冊及其他有關文件；詢問當事人和證人；采取測量、攝影、錄像等方式進行現場檢查。工商行政管理機關通過上述行為依法取得的文件、筆錄、實物，是證明侵權人侵權的有力證據，在法庭上具有較高的證據效力。商業秘密權利人在發現侵權行為時，可以根據具體情況決定是否采用這種方式收集證據。
6、通過公安機關調查收集證據
公安機關是我國偵查案件的法定機關，具有強大的偵查力量、先進的技術裝備和豐富的偵查經驗，國家賦予其偵查權。侵犯商業秘密犯罪的刑事案件壹般具有犯罪手段隱蔽、受害人舉證困難等特點，選擇公安機關介入是明智之舉。我國《刑事訴訟法》規定，商業秘密的權利人發現侵權事實時，可以向公安機關舉報。公安機關認為符合立案偵查條件的，予以立案，運用特殊偵查手段調查取證。