根據檢察機關起訴指控，法庭經審理查明，自1995年5月至1999年8月，胡長清在擔任國務院宗教事務局副局長、江西省人民政府省長助理、副省長期間，先後90次收受、索取江西奧特汽車租賃有限公司總裁周雪華（另案處理）、江西金陽光企業集團有限公司董事長李衛東（另案處理）等18人及江西省商業儲運公司的錢物，折合人民幣***計544萬余元。其中人民幣280萬余元，美元8萬元，港幣94萬元以及價值97萬余元人民幣的貴重物品。胡長清還利用職務之便，多次為有關行賄人謀取利益，造成國家巨額財產損失。
法庭認為，被告人胡長清身為國家工作人員、政府高級領導幹部，大肆收受、索取巨額賄賂，並利用職務上的便利為他人謀取利益，已構成受賄罪，且數額特別巨大，造成國家財產的重大損失，社會影響極壞，情節特別嚴重，應依法嚴懲。法庭還認為，胡長清為謀取不正當利益，向國家工作人員行賄，並對其巨額財產明顯超過合法收入的差額部分，不能說明合法來源，分別構成了行賄罪和巨額財產來源不明罪。 副省長“失蹤”震驚中央
1999年8月17日，時任江西省副省長的胡長清 率江西團參加昆明“世博會”期間，違反組織紀律，不與任何人打招呼，壹人出走到廣州，並以“陳風齊”的假身份證入住中國大酒店。
有關部門遍尋無著後，出動警力，才在中國大酒店內的壹間客房裏，找到換了姓名的胡長清。在他的皮包裏，還有壹沓剛收受尚未啟封的2萬元人民幣。
胡長清的反常舉動，引起了中紀委、中組部的註意。於是，胡長清被帶往北京接受審查。審查期間，胡妻及胡的情婦均被納入審查組的視線。在其後的監控中，發現胡妻倉皇轉移銀行存款，扣押後得知竟有300多萬元之巨。壹起震驚全國的經濟大案浮出水面！1999年9月29日，經江西省人大常委會許可，並由最高人民檢察院作出決定，北京市公安局對胡長清執行刑事拘留。10月13日，胡長清被依法逮捕。
經檢察機關查證：經濟上，胡長清貪得無厭，甚至不惜犧牲國家利益，大肆受賄索賄。其在擔任國務院宗教事務局副局長、江西省省長助理及副省長期間，先後87次收受、索取他人財物，價值人民幣544萬余元，特別是在擔任副省長期間，瘋狂地進行權錢交易，平均每天受賄5000元，相當於江西壹個農民兩年的純收入。
同時，胡長清為了自己職務提升及工作調動，還於1997年初至1999年6月下旬，先後5次向有關部門的3名工作人員行賄8萬元。在扣押、凍結胡長清的現金、存單、房屋及貴重物品等***計價值人民幣793.32萬元的財產中，除胡長清及家人能說明來源合法的95.3萬元財產外，尚有161萬余元的巨額財產不能說明合法來源，經查也無合法來源的證據。生活上，胡長清貪圖享受腐化墮落。在江西工作期間，不僅包養情婦，而且還與珠海等地的風塵女子往來密切。
黨中央懲治腐敗的決心
1999年12月22日經中央批準，中紀委給予胡長清開除黨籍處分，有關部門已開除其公職。
2000年2月13日至14日，江西省南昌市中級人民法院開庭公開審理江西省原副省長胡長清受賄、行賄、巨額財產來源不明案。2月15日，南昌市中級人民法院壹審判處胡長清死刑、剝奪政治權利終身，並處沒收財產，追繳非法所得。2000年3月8日，胡長清在南昌被執死刑。
跪地求生悔已遲
或許是自知罪孽深重，胡長清在被辦案人員審查談話時，臉色蒼白，汗不停地從額頭上淌下來。他低著頭，不停地喝水，壹副坐立不安的樣子。在辦案人員的強大思想攻勢下，他的精神防線開始崩潰，他突然跪倒在地，痛哭流涕。壹種求生的欲望在心中湧動，他逢人便跪地求饒，乞求組織上能給他壹條生路，哀求“放我壹馬”。
在法庭上胡長清的態度十分謙恭。每次發言之前或發言完畢都會說上壹句“謝謝審判長”、“謝謝公訴人”，或者是“謝謝律師”。當聽到自己的死刑判決時，胡長清神情木然，面容僵硬，目光呆滯。2000年3月5日，胡長清在看守所接受了中央電視臺《新聞調查》記者的采訪。
在近兩個小時的訪談中，胡長清時而聲淚俱下，時而感慨，時而追悔嘆息。他回顧自己的人生道路，總結自己犯罪的原因和教訓。同時他懇請有關人員轉達他的渴求：“救救我這個大罪人，給我判個死緩，給我壹個改造的機會，我永遠銘記黨的恩情，感謝黨的政策。”
就在行刑前的壹刻，胡長清念念有詞地說：“我也可以知足了，到目前為止，我也算是建國以來被判死刑最高級別的壹個了！”押解他的法警說：“不對吧！在50年代有劉青山、張子善他們被處決的！”胡長清反駁：“劉青山、張子善那時只是天津地委書記，充其量才是個正廳級幹部，我是副省級！……我也可以載入史冊了！” 1999年12月22日，人民日報記者從中央紀委了解到，中央紀委和中央組織部組成合調查組，在江西省委、省紀委及有關部門配合下，嚴肅查處了江西省原副省長胡長清嚴重違紀違法案件。經中央批準，中央紀委給予胡長清開除黨籍處分，有關部門已開除其公職。江西省委及省人大常委會已分別免去其省政府黨組成員及副省長職務，最高人民檢察院依法將其逮捕。
經查，胡長清的主要違紀違法事實有：經濟上貪得無厭，利用職權便利及影響，大肆索賄受賄。胡長清大搞權錢交易，利用職權便利及影響，采取向有關部門負責人批條子、打招呼、下指令等手段，通過為他人解決貸款、建築工程項目、營業執照、赴港定居、汽車過戶等問題，多次收受、索要賄賂。從1997年至1999年7月，***計收受、索要周雪華（私營企業主，已被捕）等8人人民幣153萬元、港幣75萬元、美金3．5萬元，以及價值140多萬元的高級手表、鉆戒等貴重物品。胡長清道德敗壞，生活腐化、墮落，情節惡劣。
中央紀委指出，胡長清違法違紀性質之嚴重，情節之惡劣，社會影響之壞，在我們黨內是少見的。把胡長清這樣壹個腐敗分子揭露出來，清除出黨的隊伍，充分表明，在我們黨內決不允許腐敗分子有藏身之地，顯示了我們黨懲治腐敗的決心。
中央紀委強調，胡長清從壹個黨的高級幹部墮落成為壹個腐敗分子，最根本的原因是，背棄了***產主義理想信念，政治上蛻化變質，把黨和人民賦予的權力作為謀取私利的手段，私欲極度膨脹。廣大黨員幹部特別是中高級領導幹部壹定要從胡長清案件中汲取深刻教訓，以此為鑒、警鐘長鳴。黨員領導幹部必須堅定***產主義理想信念，與黨同心同德，在思想上、政治上堅決與以胡錦濤同誌為核心的黨中央保持高度壹致，矢誌不移地為建設有中國特色社會主義偉大事業而奮鬥；要立黨為公，正確行使好黨和人民賦予的權力，廉潔從政，真心誠意地為人民服務，兢兢業業地為國家作貢獻；要講正氣，不斷培養和弘揚高尚的人格品質，身體力行***產主義道德，嚴以律己，永葆革命氣節。
中央紀委要求，各級黨組織要認真貫徹執行從嚴治黨的方針，切實加強對黨員領導幹部的教育、管理和監督。要堅持把堅定***產主義理想信念作為思想政治建設的首要問題抓緊抓好，教育廣大黨員幹部特別是領導幹部牢固樹立正確的世界觀、人生觀、價值觀；要對領導幹部進行經常性的考核和檢查，加強監督，從嚴約束；要按照德才兼備的標準考核幹部，嚴格按照規定任用幹部。