對屬於刑事立案監督的案件線索，內勤應登記並填寫《刑事立案監督線索登記表》，進行認真全面的審查；對於不屬於刑事立案監督的線索，經廳(處)長批準，將移送有關部門處理。
2.調查
要求公安機關說明不立案理由前，偵查監督部門應當進行必要的調查，調查方案應當報偵查監督部門負責人和主管檢察長批準。偵查應當查明是否符合刑事立案條件；是否屬於公安機關管轄；公安機關是否立案。調查要嚴格依法進行，嚴禁采取強制措施；調查應秘密進行，不透露意圖，壹般不與犯罪嫌疑人接觸。
3.求不立案的理由。
人民檢察院偵查監督部門調查核實相關證據後，認為公安機關應當立案偵查而不立案偵查的，公安機關有必要說明不立案的理由。經檢察長批準，將制作《要求說明不立案理由通知書》，要求公安機關在七日內書面說明不立案的理由。
4、審查不予立案的理由
人民檢察院偵查監督部門在審查公安機關不予立案的理由時，應當進行必要的調查。經審查認為公安機關不立案的理由不能成立的，應當通知公安機關立案。人民檢察院偵查監督部門向公安機關發出《要求說明不立案理由通知書》後，公安機關在七日內未說明不立案理由的，人民檢察院偵查監督部門可以發出《糾正違法通知書》，現有材料明確表明需要立案偵查的，也可以直接向公安機關發出《立案通知書》。公安機關收到檢察機關要求說明不立案理由的通知後主動糾正並立案的，人民檢察院無需再次發出立案通知書。
5、接受受害人的投訴
被害人認為公安機關不予立案偵查，向人民檢察院提出申訴的，人民檢察院應當受理。投訴部門經審查認為公安機關有必要說明不立案理由的，應當將案件移送偵查監督部門處理。公安機關說明不立案理由後，偵查監督部門認為不立案理由成立的，應當制作《不立案理由審查意見通知書》並通知申訴部門，申訴部門將在十日內告知被害人不立案的理由和依據；公安機關不立案的理由不能成立的，應當通知公安機關立案。
6、通知歸檔標準
通知公安機關立案應從嚴掌握，壹般應是能批捕、起訴、判刑的案件。
7、決定通知案件。
人民檢察院偵查監督部門通知公安機關立案，由檢察長決定。重大或者疑難、復雜的案件，由檢察長提交檢察委員會討論決定。
8.交付和通知
人民檢察院偵查監督部門通知公安機關立案時，應當制作立案通知書，送達公安機關，並抄送上壹級人民檢察院偵查監督部門備案。人民檢察院偵查監督部門送達立案通知書時，應當同時將應當立案的有關材料移送公安機關，告知公安機關應當在15日內立案，並將立案決定書送達人民檢察院偵查監督部門。“應當立案的相關材料”主要是指被害人的申訴材料，或者檢察機關在審查報告、批準逮捕、審查起訴過程中發現的材料。人民檢察院偵查監督部門在立案監督中可以不進行偵查，但可以對公安機關通知立案的有關材料進行必要的調查核實。
9.立案後的後續監管。
人民檢察院偵查監督部門通知公安機關立案的，應當依法跟蹤監督被通知案件的執行情況。公安機關收到立案通知書後十五日內不予立案的，人民檢察院偵查監督部門應當發出《糾正違法通知書》予以糾正。公安機關仍拒不改正的，應當報告上壹級人民檢察院偵查監督部門，由同級公安機關處理，或者報告同級人民代表大會常務委員會。公安機關已經收到立案通知書，但尚未將立案決定書送達人民檢察院偵查監督部門的，應當請求公安機關將立案決定書送達人民檢察院偵查監督部門。公安機關接到立案通知後雖已立案，但立案後未立案偵查，久拖不決的，應及時督促，必要時向上壹級檢察院偵查監督部門報告，由其督促同級公安機關予以糾正。符合逮捕條件的，建議公安機關提請逮捕。對故意阻撓調查的，要建議有關部門嚴肅查處，追究相關人員的責任。犯罪嫌疑人在逃的，應當督促公安機關加大追捕力度。人民檢察院偵查監督部門告知公安機關立案的犯罪嫌疑人較多，公安機關只對部分犯罪嫌疑人立案的，人民檢察院偵查監督部門應當發出《糾正違法通知書》予以糾正。人民檢察院偵查監督部門通知立案，公安機關立案後撤銷的，人民檢察院偵查監督部門經審查認為立案不當的，應當發出《糾正違法通知書》，通知公安機關予以糾正。
法律依據
最高人民法院直轄市行政再審案件立案程序規定
第壹條申請再審應當符合下列條件:
(壹)申請再審人是生效裁判文書列名的當事人，或者因不可歸責於自己的原因未被裁判文書列名，但與該行政行為有利害關系的其他公民、法人或者其他組織；
(二)受理再審申請的法院是作出生效判決的上壹級人民法院；
(3)申請再審的判決屬於行政訴訟法第九十條規定的生效判決；
(四)申請再審的理由屬於行政訴訟法第九十壹條規定的情形。
第二條有下列情形之壹的，人民法院不予提起再審申請:
(壹)再審申請被駁回後重新申請的；
(二)提出再審判決、裁定的申請；
(三)人民檢察院對當事人的申請作出不提出檢察建議或者抗訴決定後提出申請的；
人民法院應當告知當事人在前款第壹項、第二項規定的情形下，可以向人民檢察院申請檢察建議或者抗訴。
第三條委托他人申請再審的，訴訟代理人為下列人員:
(壹)律師和基層法律服務工作者；
(二)當事人的近親屬或者工作人員；
(三)當事人所在社區、單位和有關社會團體推薦的公民。
第四條申請再審，應當提交下列材料:
(壹)再審申請書，並按被申請人和原審其他當事人的人數提交副本；
(2)再審申請人是自然人的，應當提交身份證明復印件；申請再審人是法人或者其他組織的，應當提交營業執照復印件、組織機構代碼證復印件、法定代表人或者主要負責人的身份證明；法人或者其他組織不能提供組織機構代碼證復印件的，應當提交情況說明；
(三)委托他人申請再審的，應當提交授權委托書和代理人身份證明；
(四)判決書、裁定書、調解書的原件，或者核對原件的復印件；
(五)法律法規要求的其他材料。
第五條當事人申請再審，壹般應當提交下列材料:
(a)壹份原訟公訴書及壹份二審上訴書。
(二)原審過程中提交的主要證據材料；
(三)支持申請再審理由和再審請求的證據材料；
(四)行政機關作出相關行政行為的證據；
(五)向行政機關申請行政機關不作為的相關證據；
(六)其他需要提交的材料。
第六條再審申請人提交再審申請書等材料時，應當填寫送達地址確認書，並附相關材料的電子文本。
第七條再審申請書應當載明下列事項:
(壹)再審申請人、被申請人及原審其他當事人的基本情況。當事人是自然人的，應當列明姓名、性別、出生日期、國籍、住址、有效電話號碼和通訊地址；當事人是法人或者其他組織的，應當列明名稱、住所和法定代表人或者主要負責人的姓名、職務、有效電話和通訊地址；
(二)原審人民法院的名稱，原審判決、裁定或者調解書的案號；
(三)具體的再審請求；
(四)申請再審的具體法律理由、事實和理由；
(五)受理再審申請的人民法院名稱；
(六)再審申請人簽名、蓋章或者蓋章；
(七)提交再審申請的日期。