嘉靖四十四年(1565)，來自大理寺的左以欽差大臣、河丞相的身份進入右都，開始了治理黃河的生涯。
嘉靖四十五年(1566)，成功接管城內舊河，加右副使禦史，尋丁酉。
隆慶四年(1570)，邳州、睢寧為河決，為舊官，後任首席河決，決口止。
隆慶五年(1571)，報知河道已完成，發現運輸船漂浮時並無意外。然而，它被河流勘測徹底瓦解了。
萬歷四年(1576)夏，再次為官，為江西巡撫。
萬歷五年(1577)，稱右刑部侍郎。
萬歷六年(1578)夏，工信部丞相何曹為右都。次年九月，兩河修建完畢，黃河下遊幾年平安。
萬歷八年春(1580)，加入太保太子，入工部任大臣。九月，兵部尚書遷至南京。
萬歷十壹年(1583)正月，改刑部尚書。
身後張被搶，長子張自縊，全家餓死。潘繼勛看不下去了，明神宗說:“治監太急了。”“至於垂死的母親，所有無助的孤兒，街上所有的人都很同情。”宗申讀完之後很不高興。但李治、蔣東之等人攻擊內閣和吏部尚書楊，潘繼勛又幫助，於是李治非法以黨為由投靠張，為民請辭。
萬歷十三年(1585)，董力和董子興分別稱潘繼勛“罪輕責重”，都受到了宗申的懲罰。此後多次推薦潘繼勛。
萬歷十六年(1588)，黃河遭遇大災，為舉薦事中梅國樓等人，恢復禦史官權，為河長。
萬歷十九年冬(1591)，賈太子太保，工部尚書，右都時宇。
萬歷二十年(1592)，因病辭官。
萬歷二十三年(1595)，潘繼勛於四月十二日(五月二十日)逝世，享年75歲。
黃河治理的主要成就
潘繼勛是明末著名的治河專家，也是明代治河有影響的人物之壹。從嘉靖四十四年(1565)到萬歷二十年(1592)，潘繼勛先後四次主持河道治理工作。第壹次始於嘉靖四十四年十壹月，以都察院右都丞相何導、尚書掌管河道管理。持續了將近壹年，第二年11月，因為母親的喪，他回到了家。第二次始於隆慶四年(1570)八月，任都察院右副都督、河道丞相、軍務尚書。因為“浮於新舟行”，隆慶於五年十二月被彈劾罷黜。第三次始於萬歷六年(1578)二月。這次在張的支持下，以都察院右禦史、右工部侍郎、宰相兼提督軍務的頭銜，對黃河進行了大規模的治理。萬歷八年(1580)秋，升任南京兵部尚書。第四次始於萬歷十六年(1588)四月，後來因年老多病而乞離。總的來說，潘繼勛四次治河，歷時近十年，是明朝治河大臣任職時間最長的壹次。尤其是最近兩次，河道管理權完全歸潘繼勛，朝廷特準“便宜行事”，成績斐然。
潘繼勛壹生四次在河道整治中孜孜不倦，上至河南，下到南直隸，多次深入工地。“車到千裏”，“日與仆在河中，風雨浸，風露裹”(王希爵《潘陵園記》)，對黃、淮、魏都有重要意義。在這壹原則下，他還根據黃河含沙量大的特點，提出了“以水治河，以水攻沙”的策略。他在《河辯》中說:“劉皇最濁，鬥數之，沙居第六。如果說到秋天，水排第二。兩升水提八桶沙，必然滯。”“水緩，緩沙止，沙止，河滿，大小水皆有沙面，故曰高。水化兇猛，氣勢兇猛，沙刷深於河。求水之水有河底，卑微。築堤治水，以水攻沙。如果兩邊的水不溢出，就直接刷在河底。某個原因是必然趨勢，這個組合之所以越來越分裂。”
潘繼勛非常重視堤防的作用，以達到治水攻沙的目的。他把堤防比作邊防，強調指出:“防敵叫邊防，守河叫堤防。邊防部隊，防止敵人進入；堤防，防水。欲水出不止於堤，猶欲敵進不進，忘備於側。”他總結了當時修堤的經驗，創造性地將修堤工作分為遠堤、連堤、格堤、月堤四種，因地制宜地在河兩岸精心布置，共同使用。他特別重視堤防工程的施工質量，提出了“真土不流沙、厚不吝惜生活費”、“逐堤探查”等堤防修復原則，規定了許多行之有效的堤防修復措施和質量檢驗方法，取得了良好的效果。
潘繼勛主張合流，但為了防止特大洪水，在壹定條件下，他不反對有計劃的分洪。例如，他在《兩江略》中明確指出:“黃河濁，不可分。但秋與秋之間，淫蕩期仍在，勢必暴漲。兩岸是堤防固定的，水排不出去，崩了是必然的。”
潘繼勛在治水攻沙的基礎上，提出了徽淮段“蓄清水刷黃水”的思想。他認為:“青口是黃淮交匯之地，必經之路，稍有阻力，則無益。”但要想讓它有利可圖，就必須讓淮河的水都出來，這樣才能對抗黃河而不是沙墊。偶爾黃水先起，淮水尚弱，河沙逆水而行，難免阻力淺。但若黃退守淮上，則淵如昔，無所害。”在這壹思想的指導下，根據“淮河渾濁，但淮弱河強”的特點，他壹方面主張修築貴人堤，防止黃水南進洪澤湖，又從青浦向東修築劉仆灣堤，防止黃水南侵；另壹方面，主張修建高堰，將整個淮河的水儲存在洪澤湖中，提高水位，使淮河全部清澈，不讓黃河灌入湖中。潘繼勛認為，采取這些措施後，“黃淮若完全融為壹體，則強而專，汙泥沙而去，海之開而不疏，河之深而不采。所謂固堤，就是導河，河將疏海。"
潘繼勛不僅是“以水攻沙”戰略的發起者，也是這壹戰略的有力實踐者。萬歷七年(1579)，第三次治河時，堅持“堵口治主河，築堤破之，復築壩防外河，造壩破之，停疏海省錢，開老黃河猶受益”的治理原則，“築高堤六十余裏， 而在貴人聚堤四十余年“徐、隋、邳、蘇、陶、青沿岸，各築遠堤五萬六千余尺，黨、豐各築壹壩。 徐、裴、馮、黨的堤防長達140余裏。在崔鎮、旭升、吉太、三義修建了四座減水石壩，水閘移至甘洛以南。淮陽之間的堤壩都是修建的。經過這次治理，“高堰初建，口清，徘徊數年，河水無大患”，取得了可喜的成果。萬歷十六年(1588)，潘繼勛四次治理河道後，上次修築的堤防大多已“因車馬的蹂躪和風雨的侵蝕而退化”，降低了防洪的作用，而在南直隸、山東、河南等地，則普遍整修加固了堤防和堤壩。據潘繼勛的《包公三省堤成功》，僅在徐州、靈璧、遂寧等12縣，就有遠堤、雷堤、格堤、太行堤、土壩等。在別人的幫助下建成的，有* * * 13萬米長。在河南迎澤、武元、中牟等16縣，援建的堯月、呂閣、格格等堤防及新老堤壩14萬尺，進壹步鞏固了黃河堤防，起到了壹定的治理河道的作用。
潘繼勛四次治河成就顯著，尤其是治水攻沙理論，對明代以後的治河工作影響深遠。許多水利史研究者和水利工作者對潘繼勛的貢獻給予了高度評價，並十分欽佩。清朝康熙年間的治河專家黃晨指出:“潘銀川的以堤束水，以水刷沙之說，真是天理。起初，這不是壹個微妙的理論，所以那些後來談到這條河的人必須把它當作壹條黃金法則。”現代水利專家在談及潘繼勛治河時說:“黃淮既然是壹體的，治河之道只能是修堤築壩，其攻大有潘訓練之功。潘石屹的堤防管理不僅用它來防洪，還用它來攻沙。它深刻意識到治理和指導的原則。”雖然這些評論中包含了許多贊美之詞，但從中我們可以看出，潘繼勛在他去世後的300多年裏，對中國水利界的影響是巨大的。
應該說，在明代河道破壞嚴重，河勢變化頻繁的情況下，潘繼勛能夠提出治水攻沙的理論並付諸實踐，是超越前人的創舉。他第三次治理河道後，十幾年年底大溢流，水流順暢，當時很多人都承認。壹如往常，鞠婧曾在《秦·馮玉查理黃河疏》中說:“這幾年來，水又回到了低谷，河面逐漸加深，水沒有灌滿堤壩，也沒有沖刷堤防。這是河流的好處。”潘繼勛在四次治河時，修建了三道督撫堤，將黃河兩岸的堤防全部連接起來加以鞏固，黃河河道基本穩定，扭轉了嘉靖、隆慶年間“東西交替，無方向”的混亂局面。這些成就是他同時代的人都沒有做到的，應該充分肯定。
但也要看到，潘繼勛治河只限於河南以下的黃河下遊，而泥沙來源的中遊並未得到治理。源源不斷的泥沙，僅靠水對泥沙的攻擊是無法運入海中的，必然會有壹部分泥沙淤積在下遊的河道中。潘繼勛治河後，局部決口、改道仍不斷發生，蓄淮刷黃效果不理想。由於黃河強，淮河弱，淮河蓄水後擴大了淮河流域的淹沒面積，威脅到泗州和明祖陵的安全。因此，由於歷史條件的限制，潘繼勛采取的治理措施並不能從根本上解決當時的黃河水患問題。
潘繼勛治河300年後，壹些具有現代科學知識的西方水利專家興高采烈地提出了“采用雙堤制，沿河岸修築減速堤，引黃河泥沙養堤”的方案，並寫了壹篇論文，大感滿意地發表了，引起了國際水利界的關註。不久後，他們驚訝地發現，這只是壹個古老中國的理論和實踐的副本。世界著名水利專家、德國人恩格斯教授贊嘆道:“潘石屹區分的很有道理，遠堤是用來防崩的，而大堤是用來束水的，是治水的壹種方式。”驕傲的西方人開始對中國古老的水利技術產生深深的敬意。
對張的性格評價:①成績尚可，而不是靠壹時？我很驕傲！(二)比聽說黃埔已被封鎖，堤防工作逐漸完成，從南方來的人，都極其說這項工作既辛苦又費錢，而且好幾年了，壹度糊土。公之功德，不在於之下。
王世貞:我嘆了口氣，道:“潘公，真是個清純的大臣！”！.....推公寧可不以其身得賞，不願使國家為實費而河隙有利戲。不也是純粹的焦然部長嗎！.....不亞於偷盜，公作壹生，其言以水攻沙，以水治水必不朽。
王世茂:國朝稱治河有功，之前有陳平江U、宋尚書李、徐武公尤真、劉尚書大俠，最近還有潘尚書紀勛。
董力:在隆慶和崔振之間，河流是交通要道。這幾年來，民房鋪設，河水暢流，所以說“此潘尚書也有功”是鹹的。前部長知道這條河，但今天它是賴。.....這壹季的訓練不是恩賜，而是活著的時候要做壹顆家族牙。
玉:少寶(潘)謝他隱居的那壹天，他從我身邊遊走，卻不數那幾千塊錢的財寶，以為會收獲無窮的利益。這是舍不得嗎？以第壹先生的話為例，對待村裏的人，以溺為懷，對人寬厚，與人為善，就夠了。
何:根據劉天河和潘繼勛的說法，黃河是用老辦法治理的，而漕河是用舊制度治理的。.....嘉靖、龍、萬之間，壹季馴服四河，治百河。
張岱:我是位高權重的皇帝，四海皆準。註意河流和運河。歷代以來，、劉大俠、、、潘繼勛、王等治河大臣屢有報效，屢立奇功，利益相當。
宋正碧:有壹些工具是劉壯翔(飾)、俞素敏(飾)、潘、許(徐光啟飾)做的，允許做國家工作人員。
顧應臺:他就像潘繼勛，不丟老路，不管濁。楊壹奎第壹次開吳碼頭，第二次開大壩，都是不錯的策略。
林:這壹代偉人都是浙江人。.....經濟上有嘉興湘鄉的、仁和的胡端民、蘭溪的湘龍、桐廬的姚魁、吳城的易、常山的範清鑒英、吳城的潘紀勛、平湖的陸莊的簡光祖、的朱司馬元y
顏若渠:考萬歷六年，潘思空基成功馴服河工，成績近優於陳U，遠勝於賈魯。十四年，河水沖垮了範家口和天妃大壩。二十三年，河水、淮河泛濫，邳、泗、高、包都遭受水災。天啟元年，河水決堤王鞏。安德魯·潘雲·司空被治愈後，60年沒有洪水了！總的來說，潘的套路是存在的，即使有天災和小變故，治療也超出了他的範圍。
張:很難做出成績。壹開始大家都很懷疑，朋友也很興奮，後來就避開抽獎了。這位部長的所作所為是腐敗的。在全盛時期，人們(潘繼勛、朱恒等。)統治著曹穎的田野，這是軍方長期策劃的，其效力可能是幾十年後的事。當時就該說說了，要麽退役，要麽撤官。很長壹段時間都是吃其利，思其功。所以說:“難在喜悅中成功，難在考慮中起步。”信夫！
紀雲:紀勛生活在嘉靖至萬歷之間，每四任奉命治河。他工作了二十七年，做出了成績。
恩格斯:潘石屹區分遠堤是用來防崩的，而連續堤是用來治水的，是治理河流的壹種方式，這是非常合理的。
白壽彜:潘繼勛的這些理論是多年的實踐經驗，是經過研究得出的，在當時是有價值的。
潘繼勛個人的工作，基於他在河道治理方面的經驗，經過反復研究和檢驗，撰寫了《斷兩河記》、《兩河之我見》、《河道防治概述》等巨著。，提出了許多關於河流管理的有價值的理論，並描繪了河流防治的概況，其他著作還包括司空·舒舒和劉玉堂的文集。黃明《史靜文編》(卷375~卷378)有四卷《陳端大公錄》。
《史記》記載《明史》卷二二三《列傳》第壹百壹十篇
潘繼勛死後，後人的墓就葬在他的家鄉。墓在聖山三墩村，文革中被毀，但依稀可辨。這裏四面環水，只有壹座木橋相連，墓封，坐東朝西，意在遠遠地為陽山祖墳服務。其祖父潘貴的墓位於陽山太史灣，墓內部分石像、石墓桌、長墓仍需保存。當地人稱之為“李茂墳”。至今仍有潘石的後人時常前來祭奠。
祠堂潘辰二公祠
位於江蘇省淮安市清江文廟的二公祠，是明代著名水利官員陳與潘繼勛的合祠。該寺建於明朝正統年間，原名共相寺。因清乾隆年間河長潘繼勛供奉於寺內，故改名為潘辰二公廟。原位於青浦區清江光華化工廠，次年年久失修。1997年因位置原因被淮陰卷煙廠征用，進行了搬遷保護。2007年在清江文廟慈雲寺歷史文化區重建，也作為大運河名人堂。現為淮安市級文物保護單位。