主要從事犯罪學和刑法學的教學和研究，多年來壹直處於本科和研究生教學的前沿。她註重教學改革，她主持的“診所法律教育”實驗課程受到了國內外學術界同仁的關註。連續三次獲得武漢大學本科教學壹等獎，1997與他人合作獲得國家教學成果二等獎和湖北省教學成果壹等獎。她的前瞻性代表作《有組織犯罪研究》發表後，被有關著名學者稱為“填補了我國有組織犯罪研究的空白”，得到了法律界和司法部門的極大反響。於是，1997年8月，她應邀參加了在俄羅斯聖彼得堡舉行的“打擊有組織犯罪國際對策”學術研討會，並做了主題演講。1998受澳門政府司法人員培訓中心邀請作專題講座，承擔澳門地方政府基金項目“澳門黑社會犯罪研究”；1999受慶應大學、日本警察廳邀請，赴“中國有組織犯罪研究”作專題報告並進行學術交流；2000年受香港中文大學邀請，2003年受美國律師協會邀請進行學術訪問和演講。
她參與撰寫了十幾部學術著作，其中主編有:《犯罪學概論》、《澳門有組織犯罪研究》、《刑事被害人權益救濟理論與實踐》、《未成年人權益救濟理論與實踐》、《金融犯罪司法實務與預防對策》(副主編)、《各國刑法比較研究》(副主編)等。此外，她還在國內外學術期刊上發表了100多篇論文，如《外國社會科學》、《日本警察學(日語)》、《刑法》、《法律評論》等。近年來，她主持和承擔了國家社科研究基金項目“重大刑事案件上升的原因及對策”、“醫學刑法研究”、教育部博士點基金項目“有組織犯罪研究”、司法部研究項目“中國加入《聯合國打擊跨國有組織犯罪公約》的影響”等重大研究項目。其著作《有組織犯罪研究》分別於1998、2000年獲武漢市第六屆、第七屆社會科學優秀成果三等獎。2000年獲湖北省社會科學優秀成果三等獎。2001被評為全國優秀教師。
她註重法學理論對司法實踐的運用，積極參與湖北省和武漢市的社會服務和司法咨詢，擔任湖北省檢察院專家咨詢委員會委員。湖北省婦女聯合會法律顧問；武漢市公安局打擊經濟犯罪高級法律顧問；武漢金融法律專家顧問團等。，經常參加公安、檢察、法律和政法委邀請的疑難案件咨詢服務，省市婦聯組織的義務法律咨詢服務，多次為省市司法、婦聯、共青團幹部舉辦法律講座。
繼萬鄂湘教授之後，莫洪憲教授還是中國首家法律援助機構——武漢大學社會弱勢群體權益保護中心的主任。自1992中心成立以來，她與全體誌願者壹起，為社會弱勢群體提供誌願法律服務，接受咨詢約4萬次，回復信件近3萬封，電話咨詢約3萬次，代理訴訟案件900余件(其中大部分勝訴)，為社會最需要法律保護的“弱勢”群體提供法律援助，承諾“為政府分憂，為百姓解難”。為意外致殘的孩子爭取有價值的賠償；幫助盲人找到住的地方。在她的帶領下，“中心”將法律援助這壹公益活動與教學科研緊密結合，不僅為武大法學院的學生提供了社會實踐的基地，促進了法學教學的改革和法律人才的成長，也為我國社會弱勢群體實施有效的法律援助探索了壹條新路。由於社會效益顯著，中心先後被國務院、中宣部、共青團中央、湖北省委授予“全國扶貧助殘先進集體”、“首屆全國青年誌願服務優秀集體”、“全國青年誌願活動示範點”等榮譽稱號，先後有美國、法國、德國、加拿大、日本、英國等國的教授學者來中心訪問。因在維護未成年人權益方面成績突出，2000年被武漢市政府授予“維護未成年人合法權益優秀市民”稱號。