然而，盡管雲侃的《鄭慧集》和元昭的《資治集》都是對道宣《四分法鈔》的解釋，但這兩部書對佛的走向和衣制的長短往往給出不同的解釋，導致南山法派分為鄭慧和資治宗，元昭的《資治宗》是其中之壹。到了元明時期，法門傳承雖然沒有中斷，但因為經典的流散，再次呈現出衰落的景象。明末清初，法門大德相繼出現，如蓮池、宜顏、洪贊、元顯等，都是代代相傳。此外，南京律師顧心如心(公元1541-1615年)登五臺山，感覺文殊菩薩在雲間授戒，頓悟，在乘法表中遨遊。回到南京後，他在靈谷寺、棲霞寺、堪羅寺、靈隱寺等地，開辦了三十余處，吸引了萬余人，從而復興了南山法門。明神宗為鼓勵他推動教育事業，送給他壹件紫襖、壹個碗和壹根杖，並被封為“慧雲律師”，被稱為世界中興法學鼻祖、法制谷林學派。有壹卷“警告和標誌的Busa軌道儀器”。
古心門下有性方面，寂靜，澄明等等。其中三昧吉光律師(1580-1645年)先學聖人先教的思想，後學倪、禪等法，在南京寶華山設戒壇，建立南山法門道場。從此寶華山成為中國的禁欲中心，至今南北方叢林的禁欲宣講都遵循寶華山的規範。三昧律師主持的壇席有100多個，戒律不計其數。著名的弟子有香雪海和嶽躍律師。著有《梵經直釋》四卷、《懺悔錄十六觀》等。
見月讀體(公元1601-1679年)繼承寶華山之法，香雪海轉學到長洲天寧寺，都是傳法。
看到嶽律師是華嚴初學者，很快就喜歡上了律師三昧吉光，並深入研究了四點法。見月升即位講梵經，口齒伶俐，分析本質。三摩地的律師曾稱贊:“老人戒樓三十年，若不是見了月亮，早就毀了！”弟子60余人，立誌承法，著有《大乘玄儀》、《塔尼智赤集》、《塔尼左左持釋》等數十部法事儀軌。
定安下，先後有、閔宋、石勇、文海賦居三代人傳布寶華山之法。
清世宗雍正十二年(公元1734年)，文海被派往北京校勘《梵經》四卷，法源寺住持，包華法門分支，法源寺第壹法祖。文海主動提出要建三壇大戒，當時有1800多名僧人在大戒裏乞討。此後，寶華山的方法也在北方分支，在全國各地布燈。文海傑子遍布全球，信徒數十萬。其法脈代代傳承，如性言、圓先、澄明、冷靜、智慧、蒼暢、海然、印宗、發圈。