指導和協調全市公安機關警務監督工作，負責對同級公安機關和下級公安機關下屬單位及其人民警察依法履行職責、行使職權、遵守紀律的監督，受理群眾對公安機關和警察的投訴和申訴。
(2)辦公室(由4個部門組成:綜合研究部、秘書部、信訪部、統計監察部)
負責掌握公安工作，協助局領導組織實施全面業務工作，承擔公安調查、統計、保密信息和檔案管理工作；負責重要的治安會議；管理、監督和調查群眾來信、來訪和投訴。
(三)政治部(下設隊伍管理部、人事部、宣傳部、教育培訓部(與市人民警察培訓學校合署辦公)、老幹部工作部五個部門)
是市公安局黨委主管公安政治工作的辦公室，是負責指導全市公安隊伍建設的行政職能部門。
(4)設備財務科
負責全市公安業務經費和專項經費的核算和財務管理；負責全市公安機關裝備建設規劃和檢查指導；負責全市公安機關人民警察服裝的規劃、配置和發放；負責財務、基建、房產、辦公設備、器材管理、警用醫療等行政服務、後勤保障等工作。
(5)指揮中心
管理全市公安110報警指揮系統，接受人民群眾24小時報警求助，指揮調度全市“110”接警，協調處理緊急警務。
⑹監獄管理科
指導、檢查和監督全市監獄管理工作。
(7)出入境管理科(隸屬湄洲島口岸簽證處)
辦理公民因私出國(境)審批，負責所轄地區外國人和華僑、港澳臺同胞的管理工作。
(八)戶政科學
負責指導全市公安機關的戶籍、轉移審批和流動(暫住)人口及其他人口管理工作；負責指導全市居民身份證和臨時身份證的發放、管理和檢查工作。
(9)信息和通信司(與科技司合署辦公)
負責全市公安系統信息通信網絡建設和科技建設項目，協調社會公共安全產品的技術監督和安全技術防範。
(10)公共信息網絡安全監管科
承擔全市公共信息網絡和互聯網的安全保護工作，承擔和指導信息網絡違法犯罪案件的查處工作。
(十壹)對外聯絡處(略)
(12)法律事務科
負責規劃和指導全市公安法制工作，實施內部執法監督，承辦行政復議和行政訴訟案件。
(十三)安保科
負責組織實施本市重大安全工作。
根據有關規定，設立紀委(與派駐監察室合署辦公)，依據黨章和行政監察法履行職責；機關黨委負責局機關的黨群工作、理論學習和思想政治工作。(壹)刑偵支隊(隸屬綜合部，6大隊)
承擔全市刑偵工作的組織、規劃、指導、協調、服務和部分實戰職能。掌握和分析全市刑事犯罪形勢，收集、通報和交流全市刑事犯罪信息，研究防範和打擊對策；組織、指導和監督全市公安機關偵查破案，打擊刑事犯罪；承擔各類微量物證、疑難案件微量物證的檢驗鑒定和審查鑒定，為市刑偵部門偵破疑難案件提供技術、情報和信息支持；指導全市刑事技術點建設，負責刑事專業技術人員培訓，組織刑事技術推廣應用。
(2)行動技術分隊(略)
(三)巡特警支隊(隸屬綜合部，2個大隊)
負責指導全市治安巡邏特警隊伍建設，指導、組織和參與突發治安事件和重大治安案件的調查處理，負責經常性治安巡邏。
(四)經濟犯罪偵查支隊(隸屬綜合部，4個大隊)
指導或直接查辦擾亂社會主義市場經濟秩序、部分侵犯財產等刑事案件。
(五)國內治安支隊(下設綜合部、5個大隊)
維護社會政治穩定和國家安全，維護國家統壹和民族團結，維護憲法確立的基本政治原則。
(六)治安支隊(隸屬綜合部，5個大隊)
指導和實施治安管理和特種行業管理；受理和查處違反《治安管理處罰法》等法律法規的各類治安案件，以及公安部門管轄的相關刑事案件。
(7)禁毒支隊(由總部和三個大隊組成)
掌握全市毒品犯罪活動動態，研究制定預防和打擊對策；偵破毒品犯罪案件，抓獲販毒、吸毒、制毒、種植毒品犯罪嫌疑人。
(8)交通警察支隊
指導、監督和實施道路交通安全管理，分析研究道路交通形勢，開展交通安全宣傳教育，負責駕駛證管理。(1)莆田第壹看守所和莆田第二看守所。
承擔市、區兩級公安、檢察、法院等政法機關承擔的對犯罪嫌疑人、被告人的收押管教任務，以及對部分輕刑、拘役罪犯的管教改造任務。
(2)莆田看守所
負責對被判處治安拘留人員的教育和管理。
(3)莆田市公安局收容教育所
負責收容管教全市被收容教育的賣淫嫖娼人員。
(4)莆田強制戒毒所
通過依法采取行政強制措施，對吸食、註射毒品的吸毒人員在壹定期限內進行物理戒毒、心理矯治、適度勞動、物理康復、法律和道德教育。市公安局的派出機構是鯉城分局、程響分局、涵江分局、秀嶼分局和北安分局。