法院宣判後的兩個月，錢仁鳳的代理律師以“事實證據不足、遭遇警方刑訊逼供”為由上訴。隨後，雲南省高院駁回了上訴。至2014年12月27日，錢仁鳳被關在雲南省某女子監獄服刑。入獄12年來她壹直為自己喊冤，多次委托律師申訴，堅稱自己無罪，稱審訊時屈打成招。錢仁鳳的申訴代理律師楊柱始終認為案子疑點頗多。
錢仁鳳的侄子錢倫榮說，2002年起，錢仁鳳的親人找檢察院，檢察院讓他們找法院；找了法院叫他們找公安廳、又叫他們去找昭通公檢法，然後他們又去找昭通，昭通叫去找巧家。 壹直不停地這樣來回去找。
作案動機存疑
錢仁鳳的動機上覺得有問題：壹個女教師，是什麽樣的深仇大恨促使她對自己的學生、兩三歲的孩子用投毒 樣的方式下手。這是壹個大的疑點；
警察鑒定存疑
同壹鍋飯，給十多個孩子壹起吃。結果有三個孩子中毒，壹死兩傷。剩余的學生居然安然無恙。有中毒和不中毒的明顯區別。如果說這鍋飯是有毒的，不可能出現壹部分中毒、壹部分毫無中毒癥狀。所以我就覺得警察當時的鑒定有問題。
審案懸疑
司法程序漏洞
楊柱在查閱卷宗後發現，司法機關對於本案從作案動機到作案過程的認定，全部來自錢仁鳳自己前後不壹致的口供。而警方發現物證上沒有發現錢仁鳳的指紋。審訊筆錄顯示，錢仁鳳從壹開始“什麽都不知道”到首次有罪供述是經過連續12個小時的審訊。
作案理由不實
在隨後警察的多次訊問中，錢仁鳳針對作案動機、時間、手法等信息前後不壹致，作案理由從“因為想到朱梅(園長)不管我，還有那天吼我，我想讓那些寶寶生病，朱梅就辦不成(托兒所)了。”到後來的“要有人死。”而當偵查人員問幼兒園園長朱梅與錢仁鳳關系時，回答是：“關系還是好的，沒有矛盾”。在朱梅提出另有重要嫌疑人但被沒有受到審查的情況下，錢仁鳳被認定為兇手。
辦案涉嫌瀆職
楊柱：朱梅在警方的筆錄中已明確提出最痛恨她的就是該時公安局副政委的兒子，最有報復可能的也是這個人！可能是千絲萬縷的關系吧，致使辦案的二十多個警察沒有調查本案首要的疑兇；而所有人矛盾指向錢仁鳳。這是我說的最大的疑點！如果警察連這壹點都無法解釋，妳法院憑什麽給錢仁鳳定案！
再申訴新常態
2013年7月，錢仁鳳的申訴進入了雲南省檢察院的視線，檢察院調取了錢仁鳳投毒案的全部卷宗，正式立案復查。但從2013年至2014年12月27日，調查進展緩慢。
某記者試圖采訪負責此案的雲南省檢察院申訴處副處長高潔峰，他委托同事婉拒了采訪：
高潔峰同事：這個案件我們和法院、省公安廳還在協調當中。追問結果要看高院，再審不再審那是高院的事。
此前高潔峰曾對媒體表示：“案子正在辦理，主要是年代太久遠了，有些證據需要重新鑒定。”
某記者與雲南省高院申訴審查庭聯系，對方表示對此案件具體情況不了解。
要以審判為中心
出現的很多問題就是片面依賴警方所獲得的證據，所以法官壹定要改變自己的觀念，要以審判為中心而不是以偵查為中心。
雖然檢察機關的調查進展緩慢，但呼格吉勒錯案的糾正，聶樹斌案的復查，還是讓錢家看到了希望，她們也相信法律會給錢仁鳳壹個說法。
錢仁鳳是來自雲南巧家如今已被投入打牢改造十年以上的罪犯。錢仁鳳和他的家人壹直走在喊冤的路上。
錢仁鳳被判處無期徒刑源於壹樁投毒案，在這個案件中，無論是證言還是證據都到處充斥著矛盾，令人難以接受的是：錢仁鳳卻被判處無期徒刑，真正投毒者卻壹直逍遙法外。
2010年4月9日，雲南省某某律師事務所的幾位律師到雲南省第二女子監獄進行法律援助。該律師事務所主任朱翰中對那次的普通維權而發現的案子記憶猶新。
“看見我們就像看見了救星，跪下來哭著喊自己冤枉，監管人員攔都攔不住。”而在他看來，“錢仁鳳的案子令人很意外。”從服刑人員的心理上來說，入獄8年仍在喊冤的事例並不多見。“像這種被定為有預謀的案子，做沒做自己最清楚，如果入監8年還在喊冤，至少是需要給案子打個問號的。”
同去法律援助的律師楊柱接手了錢仁鳳的投毒案申訴。經過多次與錢仁鳳溝通，並赴巧家與錢父及其親友接觸後，2010年9月7日，錢仁鳳和父親委托楊柱，對當年的投毒案進行調查取證和申請再審。
作為公益法律援助，楊柱並沒有收取任何費用。巧合的是，楊柱和錢仁鳳簽訂委托協議的這壹天，距離錢仁鳳壹審被判有罪已整整八年。
經過與錢仁鳳的交談和查閱當年的卷宗後，楊柱和朱翰中更加堅定了自己的判斷。在他們看來，至少可以肯定的是，投毒案，警方采集和法院采信的證據幾乎站不住腳。
錢仁鳳在給楊柱的信件中說道：“當年不懂法律，才造成今天這樣的結果，給本來就不富裕的家庭帶去了沈重的打擊。”而在此前的會見中，楊柱也向錢仁鳳談過自己的顧慮，面對投毒案，若要申請再審，難度可想而知。要還錢仁鳳壹個清白，更是難上加難。
首先的困難是錢。按楊柱的計算，若雲南省高院駁回申請，可能需要到北京反映情況，來回的旅費不菲。
按照當時舊的刑事訴訟法計算刑期，如無意外，錢仁鳳至少要到2015年左右才能出獄。“但可能時間要比這個長，因為她壹直在申訴。”
最終，楊柱決定聯合錢仁鳳的堂妹錢仁左、王進貴壹家，以及侄子錢倫榮等人，***同出資援助錢仁鳳申訴。至今在為錢仁鳳申請再審的奔波路上。
2011年，楊柱代錢仁鳳向雲南省高級人民法院提交了再審申請書。2011年12月16日，高院認為，原審所認定的證據經過原審法庭的質證、認證，證據客觀真實，能夠相互印證，形成證據鏈。原判定罪準確，量刑適當，審判程序合法，故駁回錢仁鳳再審申請書。但直到2014年4月，楊柱才收到這份駁回書。
此後，楊柱和錢仁鳳的親人們分別向雲南省政法委、雲南省公安廳等有關部門遞交申訴材料，但均石沈大海。2014年年中，楊柱和王進貴進京反映情況，但截至2014年12月26日沒有結果。