商標侵權的工商機關應當在立案後90日內依法作出相應處罰。《行政處罰程序規定》第五十七條規定，適用壹般程序辦理的案件，應當自立案之日起九十日內作出決定；案情復雜，不能在規定期限內作出決定的，經工商行政管理機關負責人批準，可以延長30日；案件特別復雜，延期後不能作出決定的，由工商行政管理機關有關會議討論決定是否繼續延期。辦案過程中的聽證、公告、評議時間不計算在前款規定的辦案期限內。工商行政管理部門認定侵權行為成立時，應當責令立即停止侵權行為，沒收、銷毀侵權商品和專門用於制造侵權商品、偽造註冊商標標識的工具，可以並處罰款。當事人對處理決定不服的，可以在收到處理通知之日起15日內，依照《中華人民共和國行政訴訟法》向人民法院提起訴訟；侵權人逾期不起訴又不履行的，工商行政管理部門可以申請人民法院強制執行。
法律依據
《中華人民共和國商標法》第六十二條
縣級以上工商行政管理部門根據已經取得的涉嫌違法行為的證據或者舉報，在查處涉嫌侵犯他人註冊商標專用權的行為時，可以行使下列職權: (壹)要求當事人調查與侵犯他人註冊商標專用權有關的情況；(二)查閱、復制當事人與侵權活動有關的合同、發票、賬簿及其他相關資料；(三)對當事人涉嫌從事侵犯他人註冊商標專用權活動的場所進行現場檢查；(四)檢查與侵權活動有關的物品；有證據證明侵犯他人註冊商標專用權的物品，可以予以查封或者扣押。
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