1、缺乏維權證據。因為分開使用的話，分開使用的標識不能作為註冊商標的使用、宣傳證據，即沒有註冊商標的使用、宣傳證據，屬於不規範使用，在對他人提起商標異議、無效的過程中，因為沒有使用證據而導致維權乏力。
2、商標容易被他人提起三年不使用撤銷。根據《商標法》規定，商標自註冊之日起，連續3年不使用，任何人可以向商標局提起撤銷申請。分開使用的方式，就可能會由於不規範使用導致沒有使用證據而被撤銷掉。
3、不利於商標的長期發展。公司想要走遠，必須對品牌有壹定的規劃，日後公司發展壯大，品牌具有壹定的影響力可以申請省著名商標等榮譽的時候，可能會由於商標的不規範使用而導致錯失機會。