系統升級期間，有兩個多月(4月到6月)沒有辦理文件(只收不審)，各種規章制度需要壹個過渡，會影響到商標申請的所有流程。商標局的內部流程主要包括:
接收→形式審查(書審)→掃描錄入→校對→核對(扣分)→二次形式審查(內容審查)→打印受理通知書→卡片分類→實際審查→駁回或初審→打印駁回通知書或登記證明。
這個過渡中影響最大的過程就是形式考試(書評)。為了配合新商標法的實施，商標局出臺了新的書式，對書式的要求更加嚴格。
第二，商標審理流程發生了變化。
商標註冊申請由收件、形式審查、錄入、繳費改為收件、形式審查、繳費，然後轉入後臺由審查員對申報的名稱或服務項目、商標圖案等內容進行審查，確認後發放。如前所述，只有經過第二次形式審查(內容審查)後，申請文件中提交的商品或服務才有問題。這意味著商標局在發出受理通知書之前會先發出補正通知書，這也要求代理機構更加嚴謹細致。