境內企業代扣代繳的增值稅應向境內企業所在地的主管國稅機關繳納，代扣代繳的城建稅及教育費附加則應向境內企業所在地的主管地稅機關繳納。境內企業代扣代繳的企業所得稅，應分別向主管該境內企業所得稅的主管國稅機關或地稅機關繳納。
壹．對境外機構支付的特許權使用費代扣代繳企業所得稅、營業稅的計稅基礎是怎樣？
稅款計算是外幣轉換成本幣後直接乘以相應稅率，代繳非居民企業所得稅，除非財產轉讓，不得扣除相關稅費。依據合同約定的標的額，該部分稅收的應稅義務在外國企業，代繳企業如果代為支付，不得列支稅前。
二．特許權使用費是什麽:
特許權使用費收入是指我國個人收入調節稅的壹項應稅收入。即指單位和個人因提供或轉讓各種專利權、專有技術、版權、商標權等給他人使用所取得的收入。單位和個人所擁有的特許權未經許可，任何單位和個人都不得用以為自己服務謀取利益，只有當特許權所有者同意轉讓或允許使用，並在支付壹定使用費後，才能使用。因此，特許權使用費收入是特許權所有者的壹項專有收入，也是單位和個人應稅收入的壹個組成部分。
法律依據：《國家稅務總局關於執行稅收協定特許權使用費條款有關問題的通知》第壹條 凡稅收協定特許權使用費定義中明確包括使用工業、商業、科學設備收取的款項（即我國稅法有關租金所得）的，有關所得應適用稅收協定特許權使用費條款的規定。稅收協定對此規定的稅率低於稅收法律規定稅率的，應適用稅收協定規定的稅率。