1.本質不同
專利代理人是壹個從業資格,是指獲得了專利代理人資格證書，持有專利代理人執業證並在專利代理機構專職從事專利代理工作的人員。（PS獲得專利代理人資格的前提是具有理工科學歷背景，參加並通過專利代理人考試。）專利代理人壹般在專業的代理機構和律所任職。
知識產權工程師是壹個崗位名稱,是指能在知識產權管理機構、大型企業、科研院所等單位從事知識產權管理工作事務的綜合性人才
2.工作範圍不同
眾所周知，知識產權是分為“著作權”、“專利權”、“商標權”三大部分。
知識產權工程師要對這三方面均有壹定了解，而專利代理人主要從事“專利權”方面的內容，對“著作權”與“商標權”只是有壹個壹般的了解，在工作中不會也不大可能有深層次的了解。PS：除非個人愛好，再去研究“著作權”與“商標權”。
3.工作內容不同
壹般情況下知識產權工程師是壹個公司的職位，類似於網絡工程師。他的工作內容是保護自己公司的知識產權。
而專利代理人，則壹般在專利代理公司工作。工作內容主要是接受委托人的委托，幫助委托人申請專利。