首先，顏色組合商標不限定具體的形狀,而指定顏色商標必須有固定的形狀:
其次，顏色組合商標的顯著性在於顏色，而指定顏色組合商標的顯著性於圖形與顏色的組合;
再次，只有壹種顏色的顏色組合商標缺乏顯著性，只有壹種顏色的指定顏色商標不缺乏顯著性，指定顏色商標可以由許多顏色組成，而顏色組合商標如果由太多顏色組成，則可能因為過於復雜無法註冊。
註：商標在註冊申請時有壹項要求即：是否指定顏色及指定的是什麽顏色。若商標指定了顏色，就說明在以後的商標使用中只能使用其指定的顏色，不能使用其他顏色。若沒有指定顏色，在以後的顏色使用中就沒有限制。因此，建議商標申請人壹般不指定顏色。
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