1.保護對象不同。軟件著作權保護的是開發者獨立開發並固定在有形物體上的軟件，而專利保護的客體是發明、實用新型和外觀設計。
2.在不同情況下，軟件著作權是在軟件完成時自動生成的，專利權需要經過合法申請才能取得。
法律依據
根據2021年6月生效的《中華人民共和國著作權法》第二條。
本條例所稱計算機軟件，是指計算機程序及其相關文檔。
第四條
受本條例保護的軟件必須由開發者獨立開發，並固定在某種有形物體上。
第五條
中國公民、法人或者其他組織依照本條例對其開發的軟件，無論是否發表，享有著作權。
中華人民共和國專利法第二條，20265438年6月1日起施行。
本法所稱發明創造，是指發明、實用新型和外觀設計。
第二十二條
被授予專利權的發明和實用新型應當具有新穎性、創造性和實用性。