法律分析：不辦理商標的備案最直接的影響就是其法律的效力，不辦理商標備案相當於商標本身不具有合法權，在後續的交易中也是沒有任何法律效力的。沒有辦理備案手續的商標使用許可合同，不能對抗善意第三人。所謂善意第三人，是指對該未備案商標使用許可合同不知情(不知道、不應當知道)的人。不能對抗，是指在先訂立的沒有辦理備案的商標使用許可合同的效力，不能抵抗善意第三人與註冊商標人之間就該商標在後所訂立合同的效力。
法律依據：《中華人民***和國商標法》
第四條 自然人、法人或者其他組織在生產經營活動中，對其商品或者服務需要取得商標專用權的，應當向商標局申請商標註冊。不以使用為目的的惡意商標註冊申請，應當予以駁回。本法有關商品商標的規定，適用於服務商標。
第十八條 申請商標註冊或者辦理其他商標事宜，可以自行辦理，也可以委托依法設立的商標代理機構辦理。外國人或者外國企業在中國申請商標註冊和辦理其他商標事宜的，應當委托依法設立的商標代理機構辦理。