主要農作物雜交種子、親本種子和常規種子的許可證，由種子經營者所在地縣級農業行政主管部門審核，省級農業行政主管部門核發。其他種子經營許可證由種子經營者所在地縣級以上地方人民政府農業行政主管部門核發。經營種子進出口業務的種子經營許可證，由註冊地省級農業行政部門審核，農業部核發；育種、生產、經營相結合，註冊資本達到農業部規定條件的種子經營單位的營業執照，可直接向註冊所在地省級農業行政部門申請審核，報農業部核發。申請種子經營許可證，應當向審核機關提交下列文件:
(壹)農作物種子經營許可證申請表；
(二)檢驗人員資格證書；
(3)種子檢驗儀器清單及照片；
(4)種子加工設備清單及照片。
育種、生產、經營相結合，向農業部申請種子經營許可證，還應提交育種機構及相應的育種條件、自有品種、育種基地、檢驗室標準、銷售網絡、註冊商標證明、種子生產經營說明書。申請種子經營許可證應當由經營者向轄區內的審核機關提出。審計機關接到申請後，應當對經營場所、加工儲存設施、檢驗設施和儀器進行實地調查。符合規定條件的，簽署審核意見，報審批機關審批；不符合條件的，審核機關應當向申請人做出書面說明。