1、、店鋪被起訴商標侵犯處理如下：
（1）如果小商店侵權是事實的話，應當主動與對方和解，和解了，對方撤訴了就沒有了。和解不了，只有聽從人民法院的判決；
（2）如果對方的起訴與事實不符，小商店可以積極提出答辯意見，並向人民法院提供對小商店有利的證據，有了對小商店有利的證據，人民法院會依法作出判決的。
2、法律依據：《中華人民***和國民事訴訟法》第壹百二十八條
人民法院應當在立案之日起五日內將起訴狀副本發送被告，被告應當在收到之日起十五日內提出答辯狀。答辯狀應當記明被告的姓名、性別、年齡、民族、職業、工作單位、住所、聯系方式；法人或者其他組織的名稱、住所和法定代表人或者主要負責人的姓名、職務、聯系方式。人民法院應當在收到答辯狀之日起五日內將答辯狀副本發送原告。
二、店名侵權如何起訴
店名侵權起訴流程如下：
1、當事人起訴，首先應提交起訴書，並按對方當事人人數提交相應份數的副本。註意起訴要向有管轄權的法院提起，侵權訴訟的管轄法院是侵權行為發生地或者被告住所地；
2、然後立案庭在當事人履行必須的手續和交齊有關證據材料之後，在七天內，對符合立案條件的，辦理立案手續；對不符合立案條件的，依法裁定不予受理；
3、最後，當事人應在收到受理通知書之日起七天內預交案件受理費和其他訴訟費用，如確有困難；
可在預交期內向本院提出減、緩、免交的書面申請，逾期不交或者書面申請緩、減、免交未獲批準而仍不預交的，本院將裁定按自動撒訴處理。