《個人所得稅法實施條例》第十條規定，個人收入的形式包括現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益。所得為實物的，按照取得的憑證上註明的價格計算應納稅所得額；無憑證的實物或者憑證上標明的價格明顯偏低的，參照市場價格核定應納稅所得額。所得為有價證券的，按照票面價格和市場價格核定應納稅所得額。如果所得是其他形式的經濟利益，應參照市場價格核定應納稅所得額。
因此，自然人以非專利技術使用權投資入股，向公司提供專有技術並取得公司股權，屬於提供非專利技術使用權取得其他形式的經濟利益(公司股權)，自然人應按照“特許權使用費收入”繳納個人所得稅。
2.根據國〔2005〕319號第二條規定，個人在境外以評估增值的非貨幣性資產投資取得股權的，個人取得的相應股權價值高於資產原值的部分，屬於個人所得，應按照“財產轉讓所得”項目征收個人所得稅。稅款由被投資企業在個人取得股權時代扣代繳。但文章發出後，又被撤回。請當地稅務部門具體詢問如何操作和處理。
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