1、商標查詢
申請註冊商標之前，建議申請人對申請商標進行檢索，看看是否有相同或相近的的商標已經在相同或相似商品或服務上申請或註冊。
2、形式審查
商標審查員對商標註冊申請先進行形式審查，如果商標申請文件齊備，審查官將向申請人頒發申請日和申請號，若商標申請文件不齊備，申請人必須在提交商標申請之日起的60天內補齊所缺文件，若未在該期限內補齊，在有充分理由的情況下，申請人可獲30天的延期。上述期限內仍未補齊文件的申請將被視為自動放棄。
3、實質審查
如果通過形式審查的商標註冊申請經官方實質審查後被駁回，官方將書面通知申請人或申請人在菲律賓的商標代理人，並說明駁回理由，申請人在接到駁回通知後向菲律賓商標局提交復審。
4、公告
如果經實質審查，審查官若認為商標的註冊申請可以被接受，或申請駁回後申請商標復審成功，就會在菲律賓官方商標期刊上刊登公告;公告期間，若有人針對公告商標提出異議，那麽商標的註冊申請將不會被通過，必須由申請人對異議作出答辯，壹旦申請人未答辯或答辯失敗，商標申請將被會被註銷。
5、核準發證
公告後，異議經裁定不成立，或者無人提出異議，菲律賓知識產權局就會核準商標的註冊，並向申請人發放商標註冊證。