1995復旦大學90周年校慶上，江澤民校長為復旦大學題詞:面向新世紀，把復旦大學建設成為世界壹流的社會主義綜合性大學。
2000年4月27日，上海醫科大學與復旦大學合並，組建新的復旦大學。上海醫科大學與復旦大學的合並，進壹步拓寬了復旦大學的學科結構，為建設世界壹流綜合性大學的發展目標奠定了堅實的基礎。
2005年，胡錦濤校長發來賀信，稱復旦大學是“中國人獨立創辦的第壹所大學”。全國人大常委會委員長吳邦國出席慶祝大會並講話。國家郵政總局發行復旦大學百年紀念郵票，這是繼北京大學百年校慶之後，我國第二次發行大學百年紀念郵票。2006年，“復旦”被授予上海市著名商標；2007年，“復旦”商標(包括“復旦”字樣和圖形標識)被國家工商總局商標局認定為中國馳名商標，使復旦成為繼清華之後中國第二所獲此殊榮的高校。東京大學只接受以優異成績從中國北京大學、復旦大學和清華大學畢業，並經大學校長推薦在該校就讀碩士課程和專業學位課程的學生，並向ADK中國於穎基金發放獎學金，主要用於幫助培養中國各領域的下壹代領導者。