第二，地形復雜。龍門大橋橫跨毛偉海域，橋區水下暗礁較多，水流情況復雜，增加了設計、勘察和施工的難度。
第三，抗風要求高。龍門大橋地處海洋性氣候，易受臺風影響。主橋抗風是橋梁設計中的壹個關鍵問題。
四是設計施工難度大。龍門大橋采用懸索橋結構，主橋跨度大，對主梁鋼結構、索塔、錨具的設計和施工提出了更高的要求。自治區領導多次聽取龍門大橋設計方案的專題匯報，要求將國內外最新的設計理念、技術、材料、工藝應用於大橋的設計和施工，選擇國內外優秀的設計和施工單位承擔大橋的設計和施工，把龍門大橋建成廣西最大跨度的跨海大橋和北部灣經濟區的標誌性建築。屆時，龍門大橋將成為廣西沿海城市壹道獨特而亮麗的風景線。