華藥按照現行的GMP標準組織生產，主要產品生產線已通過國家GMP認證。生產中不斷改進工藝技術，提高產品質量，降低消耗，主要產品生產技術在國內處領先地位。應用國際先進水平的裝備，保證生產過程穩定和產品質量穩定。其中新建生物技術藥物生產基地的所有裝備均符合國際GMP標準。計算機輔助管理在生產過程中得到普遍應用，在國內最早將計算機應用於抗生素發酵過程控制，新建的半合成抗生素生產基地的計算集成制造系統--CIMS應用工程項目被認定為國家863示範工程。
華藥從八十年代初開始推行全面質量管理（TQM），以滿足用戶需求為目標，形成了有效的質量管理體系。現有7000平方米的質量檢測中心，檢測手段先進，有效地控制了各個環節的生產質量。1986年華藥在醫藥行業首家獲國家質量管理獎。2000年，華藥股份公司通過ISO9001質量體系認證。華藥根據國際標準和國外先進標準組織生產，有29個品種通過采標認證，制定了高於法定標準的企業內控標準，保證了出廠產品的高質量。先後有5個主要產品獲國家優質產品獎，34個品種獲得省級以上優質產品稱號，1999年華北牌商標在醫藥行業最早被認定為中國馳名商標，2001年華北牌商標評估值36.88億元。