健康的人
未處於疾病狀態的中老年人、兒童和婦女屬於腸道健康人群，但由於自身的生理條件，屬於較弱的群體，可以註意在飲食中補充益生菌，如發酵乳制品、豆制品等。
不同的人需要根據自己的身體狀況選擇合適的益生菌產品，但要註意適量補充，不是越多越好。
另壹項研究表明，孕婦可以通過在分娩前後補充益生菌來降低嬰兒患過敏性疾病的風險。
處於疾病狀態的人
腹瀉和功能性腸道疾病的人需要補充大量的益生菌，只吃日常食物是不夠的。他們需要食用高純度、高含量的益生菌產品，因為這部分人群的腸道菌群嚴重失衡，有害菌和致病菌占優勢，只能通過攝入大量益生菌來抑制或殺死致病菌。
此類疾病狀態包括:腹瀉(任何原因引起的腹瀉)、便秘、腸炎、消化不良、乳糖不耐受(牛奶過敏)、接受化療或放療的腫瘤患者、肝臟疾病、心血管疾病、腹膜炎等。
值得註意的是，雖然益生菌對人體有諸多益處，但早產兒、免疫功能低下者和嚴重器官衰竭患者應慎用益生菌。胃酸過多的人，胃腸手術後的病人，心內膜炎，重癥胰腺炎等不宜多服益生菌。