1)查詢註冊字是否為禁用字。
如果註冊的文字本身缺乏顯著性，或者被《商標法》禁止，則無法通過商標查詢來判斷其註冊申請是否能夠獲得核準；禁止註冊的詞很多，有的商標查詢軟件還沒有對這壹塊進行排序。
2)查詢盲點
如果在先申請中有相同或者近似的商標，在查詢時還沒有進入商標局的數據庫，因為兩者時間相近，查詢結果不會體現出來；
3)審查標準
如果詢價報告提供了幾個可能近似的商標，代理人只是通過壹般的審查標準和經驗做出分析，其意見僅供參考，不能代表商標局的審查意見；
4)組合商標的單獨查詢
對於組合商標，如果只查詢商標的壹部分(如中文或英文)，但實際申請的商標中的其他部分(如圖形)與他人的註冊商標相同或近似，則整個商標也會被駁回；
5)商標設計影響查詢結果。
委托人在查詢時只提供了商標的名稱，但實際申請中提供的商標設計稿在字體、顏色、結構或排列等方面的差異也會導致查詢結果不能完全反映相同或相似程度。