全國眼科醫院排名前五的是首都醫科大學附屬北京同仁醫院、中山大學中山眼科中心、復旦大學附屬耳鼻喉科醫院、北京大學第三醫院。
1、首都醫科大學附屬北京同仁醫院
首都醫科大學附屬北京同仁醫院(以下簡稱“同仁醫院”)始建於1886年，是壹所以眼科學、耳鼻咽喉科學為國家重點學科的大型綜合三甲醫院。“同仁”商標是國家商標局認定的國內首家醫療服務業馳名商標。醫院眼科、耳鼻咽喉科為原衛生部批準的國家臨床重點專科。
2、中山大學中山眼科中心
中山眼科中心是我國學科門類齊全、師資力量雄厚、醫療技術精湛、診療設備先進、科研實力強大、國內領先、國際知名的眼科中心，連續七年位列中國醫院最佳專科聲譽排行榜眼科第壹，連續三屆中國醫院科技影響力排行榜第壹。
3、復旦大學附屬耳鼻喉科醫院
復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院坐落於徐匯區汾陽路83號，創辦於1952年，創辦時名為上海醫學院眼耳鼻喉科醫院。至今醫院仍是全國範圍內唯壹壹所集眼科和耳鼻喉科醫療、教學、科研為壹體的三級甲等專科醫院；亦為國家臨床藥物實驗機構、上海市紅十字冠名醫院。
4、北京大學人民醫院
北京大學人民醫院創建於1918年，是中國人自行籌資建設和管理的第壹家綜合性西醫醫院，最初命名為“北京中央醫院”，中國現代醫學先驅伍連德博士任首任院長。北京大學人民醫院的發展歷程，是中國醫學進步的見證。
5、北京大學第三醫院
北京大學第三醫院（簡稱“北醫三院”）始建於1958年，是國家衛生計生委委管的集醫療、教學、科研和預防保健為壹體的現代化綜合性三級甲等醫院。神經內科、心血管內科、眼科、運動醫學研究所、藥劑科等榮獲“國家級青年文明號”榮譽稱號。