當進行變性凝膠電泳時，完整的總RNA將產生清晰的28S和18S rRNA帶(真核樣品)。28S rRNA條帶的強度應該大致是18S rRNA條帶的兩倍。這個比值2:1 (28s: 18s)是判斷RNA完整性的壹個很好的指標。
使用變性凝膠電泳評估RNA完整性的壹個缺點是需要觀察RNA樣品的量。通常，至少需要將200 ng RNA裝載在變性凝膠中，以在EtBr染色下觀察。在壹些RNA制備實驗中，如從穿刺活檢樣本或激光捕獲顯微切割樣本中提取RNA，產率很低。在這種情況下，在進行表達譜分析實驗之前，可能無法取出200ng RNA來評估其完整性。其他核酸染料，如sybr &:# 174；與傳統的瓊脂糖凝膠電泳EtBr染色法相比，金和SYBR Green II RNA染料能顯著提高靈敏度。通過使用300nm透射光源(6 x 15瓦燈泡)和特殊的濾光片，SYBR Gold RNA凝膠染色可以檢測低至1ng的RNA，而SYBR Green II可以檢測2ng，從而可以用較少的樣品進行RNA完整性分析。
目前有壹種快速簡便的方法可以替代傳統的凝膠分析法，可以同時定量和評價RNA樣品的質量。安捷倫2100生物分析儀(安捷倫科技公司)是第壹個提供RNA樣品狀態詳細信息的商業微流控儀器。當與RNA 6000 lab chip & amp；#174;(Caliper Technologies Corporation擁有的註冊商標)，最小分析時間僅為1 &；#181;l濃度為10 ng/&；#181;l的樣品除了評估RNA的完整性，這個自動化系統還可以提供樣品RNA濃度和純度的評估(如mRNA制備中的rRNA汙染)。在過去，需要使用壹些RNA樣品(通過A260分光光度法)來檢測濃度和純度，而需要使用壹些其他樣品來評估完整性。通過使用lab chip &；#174;該系統可以僅使用壹個5ng樣品同時分析濃度、完整性和純度。分析數據可以顯示為凝膠狀圖像、電泳峰和表格。