1.申請人填寫《綠色食品標誌使用申請表》壹式兩份(含所附材料)，提交所在地省(自治區、直轄市、計劃單列市)綠色食品管理部門。
2.省級綠色食品管理部門委托通過省級以上計量認證的環保監測機構對產品或產品原料的產地進行環境評價。
3、省級綠色食品管理部門對申報材料進行初審，並將初審合格的材料報送中國綠色食品發展中心。
4.中國綠色食品發展中心會同權威環保機構對上述材料進行審查。合格，由中國綠色食品發展中心指定的食品監測機構對其申報產品進行抽樣，按照綠色食品質量衛生標準進行檢測；不合格者，當年不再受理其申請。
5.中國綠色食品發展中心對質量衛生檢驗合格的產品進行全面審查(含實地考察)，並與合格申請者簽訂《綠色食品標誌使用協議》:農業部頒發綠色食品標誌使用證書和編號；報國家工商行政管理總局商標局備案並同時向社會公告。