1)缺乏顯著性或者被商標法禁止使用的文字，無法通過查詢來確定其註冊申請能否被核準；
2)如果查詢時與在先申請相同或者近似的商標尚未進入商標局的數據庫，則查詢結果不會因為兩次近似而得到反映；
3)如果查詢報告提供了幾個可能近似的商標，代理人只是通過壹般的審查標準和經驗做出分析，其意見僅供參考，不能代表商標局的審查意見；
4)對於組合商標，如果只查詢商標的壹部分(如中文或英文)，但實際申請的商標的其他部分與他人的註冊商標相同或近似，則整個商標將被駁回；
5)委托人在查詢時只提供了商標的名稱，但實際申請中提供的商標設計稿在字體、顏色、結構或排列等方面的差異也會導致查詢結果不能完全反映相同或近似程度。