1、登記註冊的依據不同。註冊商標是依照商標法規定進行註冊，而企業名稱則依照公司法、外商投資企業法、中外合資企業法、中外合作經營企業法、合夥企業法、個人獨資企業法、企業名稱登記管理規定等法律、行政法規進行登記。
2、取得方式不同。在我國，對商標實行自願註冊與強制註冊相結合的原則，其做法是除按規定某些特定商品必須使用註冊商標以外，壹般商品的商標采取自願註冊原則，即註冊的享有專用權，未註冊的仍可使用，但不享有專用權；而對企業名稱，未經核準登記的名稱不準使用，也就不享有名稱權。
3、權利特征和內容不同。商標權是工業產權，只具有財產權的特征，不帶有人身性，而企業名稱權是壹種兼有人身權和財產權特征的權利。所以，企業名稱權壹般不允許單獨轉讓或者許可他人使用。
法律依據：
《中華人民***和國商標法》第四條
自然人、法人或者其他組織在生產經營活動中，對其商品或者服務需要取得商標專用權的，應當向商標局申請商標註冊。不以使用為目的的惡意商標註冊申請，應當予以駁回。本法有關商品商標的規定，適用於服務商標。