辦理商標註冊網上申請的，應當按以下流程辦理： 1、申請“商標數字證書”;僅商標代理組織需要進行本步驟的操作。 2、下載並安裝數字證書驅動程序和安全應用控件;僅商標代理組織需要進行本步驟的操作。 3、登錄網上申請系統，選擇書式，提交商標網上申請; 4、繳納商標規費;商標代理組織應當在提交申請前向商標局足額預付商標規費。 5、確認網上申請是否提交成功。成功提交商標網上申請後，商標局要求遞交相關紙質申請材料的，應當按規定辦理。
法律客觀：《 商標法 》第二十二條 商標註冊申請 人應當按規定的商品分類表填報使用商標的商品類別和商品名稱，提出註冊申請。 商標註冊申請人可以通過壹份申請就多個類別的商品申請註冊同壹商標。 商標註冊申請等有關文件，可以以書面方式或者數據電文方式提出。 第二十八條 對申請註冊的商標，商標局應當自收到商標註冊申請文件之日起九個月內審查完畢，符合本法有關規定的，予以初步審定公告。