二者並無好壞之分。申請商標註冊是以公司名義來申請還是以個人名義來申請，這完全取決於商標申請人，最為重要的就是符合自身發展需要，從長遠的角度來權衡商標註冊模式。公司名義註冊的商標所有權歸公司，企業法人或企業的股東不享有對註冊商標有專有權，公司壹旦註銷，商標就必須在註銷之前轉讓才可以繼續存續，如果公司破產的話，商標屬於公司財產需要做清算。個人名義註冊的商標個人註冊的商標只歸個人所有，雖然申請時提供個體戶執照副本的復印件，但是註冊成功之後商標是屬於個人，歸個人使用及其支配。公司申請的商標比個人申請的商標更容易進入市場，也更容易打響品牌，未來公司也可能因持有該商標而增值，更有利於產品的宣傳。當然如果以個人名義申請註冊了，也可以授權自己企業或其他企業使用，個人名義不用擔心主體轉移或註銷對商標的影響，也是有個很大的優勢。
法律依據：
《中華人民***和國商標法》 第二十二條 商標註冊申請人應當按規定的商品分類表填報使用商標的商品類別和商品名稱，提出註冊申請。
衍生問題：
商標怎麽註冊 申請註冊商標流程是：1、確定商標適用於什麽產品或服務；根據產品或服務；2、確定要註冊的商標類別；3、取商標名稱，對商標進行近似查詢；4、準備相關材料，向商標局提交商標註冊；5、到商標局進行復審；6、商標公告，商標復審通過後，即表示註冊成功。申請商標註冊不得損害他人現有的在先權利，也不得以不正當手段搶先註冊他人已經使用並有壹定影響的商標。