2、使用不便。組合申請使用不方便、不靈活，分開則反之。若組合申請，則使用時必須組合使用，不能拆分，不能換位置；而分開申請則非常靈活，可獨立用，亦可隨意組合用。如：NIKE、圖形、耐克，可以分開，可以組合，對於包裝，門頭，產品上用都非常方便，如果組合申請，在鞋子上使用就非常大壹塊，也不美觀。
3、時間增加。組合申請的商標其審查速度比單獨申請的商標相對較慢，因為每部分都要分開審查，而單獨申請則互不影響。
4、費用問題。組合申請費用少，單獨申請費用多。組合申請為壹個商標費用，分開申請就要花幾分錢。雖然表面成本增加了，但是實際使用過程中產生的無形效益要遠遠大於分開註冊的這筆費用。