蘋果系統基於Unix開發(免費)，安卓系統基於類Unix的Linux系統開發(免費)。前者是閉源的，只供蘋果產品使用，後者是開源的，系統源代碼除內核外都是開放的，各廠商可以深度定制。
2、程序運行機制不同。
蘋果系統有墓碑機制和沙盒機制，可以限制程序在後臺自動運行，防止占用內存資源；Android系統的後臺機制，因為關系到系統的開源，所以不能強制禁止應用後臺運行，除非是廠商定制修改，可以優化減少自啟動和內存占用。
3.硬件資源的使用效率不同。
蘋果系統根據系統需求，基於硬件資源和硬件匹配做軟件優化，使系統充分利用硬件資源，提高運行效率；另壹方面，Android系統是軟硬件運行的。硬件配置越高，廠商越懶於優化系統，使用效率低。
4、對應的擴展程序優化不同。
蘋果對其應用程序有嚴格的審查機制。不符合標準的app禁止上架app store和下載安裝。安卓系統的應用軟件缺乏監管，大部分無法優化。
5、系統安全性不同。
蘋果系統因為封閉且控制嚴格，漏洞很少，很難被第三方軟件破壞。Android系統安全性比較低，系統開源，應用程序監管不好，容易受到權限破解和第三方程序的攻擊。
參考資料:
百度百科-安卓
百度百科-iOS(蘋果手機操作系統)